用MS-DIAL分析代谢组数据

今天分享的是使用MS-DIAL分析代谢组数据：

操作步骤

运行AnalysisBaseFileConverter

把要转换的文件拖进来，点击转换

打开软件

创建新项目

选择LC/MS，DIA，选择窗口文件，选择离子模式，选择代谢组学

窗口文件

设置分组，blank与QC样品

设置保留时间与MZ范围

选择smoothing等级，选择峰宽与峰高，选择切片距离，输入一些需要排除的溶剂离子峰和污染离子峰，一般按照下图设置即可

输入反卷积参数，越小就会识别出更多的噪音峰，越大会使得最高的峰有所降低。设置噪音去除等级。

点击identification，选择msp文件与后鉴定文件（一般为内标）

进一步的选项，设置丰度cut off和是否只报道最高的匹配

根据离子模式选择脂质类型，溶剂与碰撞方式,选择存在的离子峰

设置参考QC样品，一般为QC样品，就是几种Sample的混合，那么所有峰都会根据这个样品来比对，然后设置RT和MS1的误差范围，设置RT和MS1的重要性因子，然后设置峰的过滤值，比如一共47个样品，最少要在9个QC样品中出现，就是4/23=19.14。然后选择QC at least filter，就是每个峰至少要在QC样品中出现一次。

假如有同位素内标，就选择，然后点击完成

完成了

上方显示了提取出来的离子峰

右边红色的为参考离子，黑色的为实验离子

点击MS2得到二级峰图

点击purified得到反卷积后的峰图

中间每种颜色代表了一种脂的类别

点击alignment spot view，

放大之后可以看到每个点的情况，绿色是有数据，红色是缺失数据

点击一个点后可以看到这个物质的详细信息，上方的条形图显示每组的情况

点中一个点，选择手动查找

修改tolerance的值，再进行查找，对比峰图，进行鉴定，再选择是确信的，存疑的还是未知的。

右键可以导出MRMPROBS的格式，进行靶向的分析。

选中未知的点，点击MS-FINDER，可以进行结构的预测。

点击预测的结果，可以看到预测的峰图与真实峰图的一致性

设置内标

把内标ID黏贴到后面

使用内标进行数据标准化

使用内标+LOWESS的方法进行标准化

导出峰的结果

选择位置与格式，进行导出

导出比对好的结果文件

选择位置与格式，进行导出

保存项目为mtd格式

保存参数为MED文件，以后可以直接使用