使用cytoscape的MCODE插件筛选hub基因
尔云间 一个专门做科研的团队
一、String网站进行PPI分析，下载TSV文件
登入string网站，点击search，选择进入Multiple proteins
https://cn.string-db.org/cgi/input?sessionId=btnIJ1IPN1ts&input_page_active_form=multiple_identifiers
将关注基因输入list of name框中，organisms框中选择物种
点击search，后点击continue
下载TSV文件，我下载的是 as short tabular text output
二、TSV文件导入cytoscape
点击如下图标
选择先前下载的TSV文件
后点击 OK 导入，我们这里得到了176个节点和566个互作关系对
三、运行MCODE插件筛选hubgene
Apps一栏选择MCODE插件，如未下载可在Apps一栏中的App Manager中搜索MCODE下载
点击Analyze Current Network
这样我们就得到了诸个子网络
点击from selected nodes，all edges
就可以得到关注的子网络
我们可以将 将分数最高的网络里面全部基因当作hub gene
点击export table to files导出hub gene文件
今天的分享就到这里了，欢迎大家随时找小果交流哦
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