非肿瘤疾病也能做免疫浸润分析！一网打尽10种最常见疾病的免疫浸润分析思路
只有肿瘤能做免疫浸润分析吗？
小云告诉你：No！当然不！
话说诸葛亮足智多谋，面对司马懿大军来袭，守在空城，用笃定于胸的十万神兵退敌于千里之外。
其实，在我们每个人的身体里也埋伏着十万神兵，它帮我们抵抗疾病，维护健康，而且不是空城计，是真实存在的。
它就是——身体的免疫系统。
除了肿瘤之外，很多疾病都跟免疫相关，包括免疫功能低下、免疫功能亢进或免疫功能紊乱。
换句话说，很多非肿瘤疾病都能进行免疫细胞浸润分析！
不知道怎么分析可以找小云，超多个性化、创新性高的分析思路供你选择！
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那么很多疾病是哪些疾病？分析免疫浸润能发几分？
别急，小云帮你汇总了2022年最新发表的10种常见非肿瘤疾病分析免疫细胞浸润的生信思路，看看有没有你想要的疾病？
01 急性心肌梗死+免疫细胞浸润
GEO数据集筛选差异表达基因(DEGs)、通路分析、基因集富集分析(GSEA)，利用STRING数据库构建蛋白质互作(PPI)网络，用CIBERSORT分析免疫细胞的组成。
02 骨关节炎+免疫细胞浸润
分析GEO数据集，建立蛋白质-蛋白质相互作用网络，利用GO和KEGG进行功能富集分析，采用CIBERSORT分析骨关节炎组织与对照组织之间的免疫细胞浸润情况。
03 活动性溃疡性结肠炎+免疫细胞浸润
从GEO数据库下载活动性溃疡性结肠炎的数据，筛选差异表达基因(DEGs)。基因集富集分析(GSEA)、GO和KEGG分析潜在通路。利用CIBERSORT评估22个免疫细胞的比例。WGCNA确定临床性状相关的关键模块。构建蛋白质相互作用(PPI)网络，细胞景观(Cytoscape)筛选中心基因。
04 颈动脉斑块内出血+免疫细胞浸润
斑块内出血(IPH)是不稳定斑块的一个重要特征，是心血管事件的独立危险因素。下载GEO数据集GSE163154（包含IPH和非IPH斑块样本），鉴定差异表达基因(DEGs)和功能分析，通过蛋白质相互作用(PPI)网络分析中心基因。利用CIBERSORT分析免疫细胞浸润及免疫细胞与中枢基因的关系。
05 腰椎间盘突出+免疫细胞浸润
从GEO数据集中下载腰椎间盘突出症(LDH)患者和对照者的全血基因表达谱数据，筛选差异表达基因(DEGs)，并进行功能相关性分析。利用CIBERSORT分析免疫细胞，加权基因共表达网络分析(WGCNA)对网络中的中心基因进行鉴定，并与浸润性免疫细胞的进行Spearman相关性分析。
06 动脉粥样硬化+免疫细胞浸润
利用GEO数据集筛选差异表达基因(DEGs)，利用CIBERSORT分析22种免疫细胞组分的组成模式。
07 缺血性脑卒中+免疫细胞浸润
从GEO数据库下载缺血性脑卒中(IS)数据集，采用xCell、基因集富集分析(GSEA)、单样本GSEA (ssGSEA)和免疫相关基因分析，评价IS与对照组在免疫微环境和特征通路方面的差异。
08 慢性阻塞性肺疾病+免疫浸润
利用GEO数据库慢性阻塞性肺疾病(COPD)数据集进行差异表达基因(DEG)分析。使用SVM-RFE分析和LASSO回归模型确定候选生物标志物，评估这些候选生物标志物的诊断价值和表达水平。使用CIBERSORT分析免疫细胞浸润及与关键基因的相关性。
09 系统性红斑狼疮+免疫细胞浸润
从GEO数据库中下载系统性红斑狼疮(SLE)患者和健康人外周血单个核细胞(PBMC)数据集，筛选了差异表达基因(DEGs)，并采用LASSO回归和SVM-RFE分析来发现潜在的诊断性生物标志物。采用CIBERSORT确定免疫细胞在SLE患者中的比例，并研究生物标志物的表达与免疫细胞比例之间的相关性。
10 糖尿病视网膜病变+免疫细胞浸润
从GEO数据库中下载糖尿病视网膜病变(DR)数据集，利用CIBERSORT算法分析22种免疫细胞的浸润情况，采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异表达分析来识别M2巨噬细胞上可能影响DR进展的hub基因。
# 总结 #
上述这些文章的分析内容并不复杂，用到的分析方法都很常规，很容易复现，主要特点就是分析了免疫细胞的浸润情况。
如果你也对免疫感兴趣或者课题没思路想通过生信分析与免疫细胞关联起来，zhi 需要给小云提供你关注的疾病名称，我们先查一下是否有对应的可用于分析的数据，如果有，小云会给您设计个性化的分析思路。如果没有数据，也可以先做测序再进行分析哦。
感兴趣的小伙伴快来咨询小云吧！
