在Autodockvina的快速简易的对接方法https://www.bilibili.com/read/cv17081149中阐述的对大分子蛋白和小分子配体有些步骤没必要，现在进行简化

-受体准备-

打开AutoDockTools，在菜单栏点击File>ReadMolecule打开大分子pdb文件 

①除水：Edit>remove water 

②加氢：Edit>Hydrogens>Add>OK

③ 选为受体 Grid>macromolecules >choose 这一步会自动增加电荷

⑤保存为.pdbqt文件：会自动跳入到工作目录里来，File->Save->WritePDBQT

点击鼠标右键>delete 在Dashboard中把受体分子删除。通过ADT菜单栏Ligand->Input->Open打开KQV701.pdb文件，弹出一个对话框，点击确定

file>read molecules>小分子pdb文件

① Edit>hydrogens>add

②ligand>choose >选中文件>select

③ 检测配体的root：ADT菜单栏Ligand>Torsion Tree>DetectRoot

③选择配体可扭转的键：Ligand>TorsionTree>Choose Torsions>Done，表示该分子32个键中有13个可旋转的。

• 其中红色表示不可旋转的键，绿色表示可旋转键，紫色表示不可扭转，通常为肽键。如果要设置某个键不可扭转，那么先按住shift键，然后鼠标单击即可（颜色变成紫色）。
  ④保存为.pdbqt文件：ADT菜单栏Ligand->Output->Saveas PDBQT，此时可在6NJS文件夹下看到多了一个“KQV701.pdbqt”文件

大分子和小分子准备好了，就开始在Grid里对接把。