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敏于思而勤于行

2023-06-01 10:36 作者:计算老司机  | 我要投稿

读研时,老师告诉我:抬头看路,低头拉车,要手脑并用。

自己随后二十多年的科研实践,也切身体会到科研如果某个阶段或某个项目,做什么都跌跌撞撞、处处不顺利,大部分是方式方法出问题了。这时候建议停下来,好好思考一下自己工作的方向、设计思路。

对于做计算的同学,则仔细检查模型、参数以及当前错误结果的出错信息,而不是蛮干。勤奋不等于蛮干,我甚至认为简单重复错误不仅不是勤奋,反而是懒于反思的表现。老司机这里结合一位同学的表现,说说我的看法。

具体情形:大体系单步优化足足耗费了2天时间

遇到这种情形,必须马上停下,这和我之前介绍的“导师停我账号”如出一辙。导师让你停,你可能还会觉得“真抠门”,殊不知你付出的时间比那点机时费贵多了。

面对这种情形,需要马上根据当前结果诊断速度慢的原因,例如密度泛函计算,是因为电子步优化缓慢、难以收敛,还是因为并行不合理等,对症下药。对于复杂、超大体系,尤其要谨慎,加强和计算机的交互。这里结合我为这个同学最近做的测试,展示大体系只要设置得当,也能计算的很快,如下图。

单节点36核测试计算

200个原子,1800个电子,相信对绝大部分同学这是大体系,而精修结构优化(力的收敛从0.05 eV/Å降低到0.02 eV/Å),上图最后一列是单步花费的时间,单位为分钟。36核经过不到半小时完成了精修计算,简单算个帐,机时消耗:36核*0.5小时 = 18核时;机时费用:18核时*0.07元/核时 = 1.26元。请问这点机时费用,相比咱们宝贵的时间,是不是很廉价?

问题诊断:那么这个同学的问题出在哪里?

首先,他直接拷贝了他师兄的输入文件INCAR以及KPOINTS,在高达1800个电子的体系不必要采用了大量K点。其次,他初始结构建模后首次自洽计算就设置了很高的收敛标准(EDIFF = 10-5 eV),单第一步就耗费了350多步才完成第一步收敛(他设置了电子自洽最大步数为1000步,这是哪位英雄的部下!)。最后,他设置了很低的sigma用以费米能级展宽(sigma = 0.01)。

 

如何改进?

首先告诉他,中、大体系都建议采用梯度优化策略,即先粗后精的方法,逐渐获得高精度结果。这个梯度策略在我之前视频多次提到:

  • 针对他已有的参数,老司机给他做了一些修改,用以显著加快:EDIFF = 0.01; KPOINTS: Gamma only; sigma = 0.1; 同时采用VASP的Gamma版本,而非标准版(standard)。综合优化策略和新的参数设置,这个结构优化在1天多的时间内完全实现了。获得结构后,进一步采用类似方法完成了其它计算任务,总共在一周多时间完成了多个要求补充的计算。

想让你的计算更快、更高效吗?偷偷骂老板不顶用,不如联系老司机(加微:jisuanlaosiji),一起讨论模型和方案,省时又准确。




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