【ROSALIND】【练Python，学生信】06 DNA序列Hamming距离的计算

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题目：

计算Hamming距离

Given: Two DNA strings s and t of equal length (not exceeding 1 kbp).

所给：2条等长DNA序列，不超过1kbp。

Return: The Hamming distance dH(s,t).

需得：两条序列的Hamming距离。

测试数据

GAGCCTACTAACGGGAT

CATCGTAATGACGGCCT

测试输出

7

背景

点突变是最常见的DNA变异种类，表现为单个位点碱基对的改变。由同一个祖先序列进化产生的同源序列通常包含部分相同序列，计算不相同的位点数可以告诉我们点突变发生的最小次数。Hamming距离用来衡量两个等长字符串在对应位置上不同字符的数目，即通过替换字符的方式将字符串x变成y所需要的最小的替换次数，适于表示两个DNA序列的相似性。

思路

x、t是等长序列，因此只需依次比较s[i]、t[i]是否相同，把不同的数目记录下来即为Hamming距离。

代码

f = open('rosalind_hamm.txt','r')

lines = f.readlines()

f.close()

s1 = lines[0].strip()

s2 = lines[1].strip()

hd = 0

for i in range(len(s1)):

    if s1[i] != s2[i]:

        hd  += 1

print(hd)