科研干货| FerrDb — 铁死亡研究分析利器！

铁死亡(Ferroptosis)是一种铁依赖性的调节性细胞死亡方式，与多种人类疾病（例如癌症、心血管疾病和退行性疾病等）紧密相关。铁死亡的过程很复杂，由多种代谢物和生物分子组成，也有一些特征基因发生变化。现如今铁死亡已成为除m6A、自噬、肠道微生物、肿瘤免疫等明星研究的又一大热点，开启这样一个新课题不知从何入手？FerrDb数据库可以助你轻松入门铁死亡研究热点，达到事半功倍的效果！

 FerrDb数据库是由广州医科大学附属脑科医院、四川大学生命科学学院以及生物资源与生态环境教育部重点实验研究团队共同建成的， FerrDb是现如今第一个人工整理的铁死亡数据库，用于管理和鉴定铁死亡相关的标志物和调控因子以及铁死亡关联疾病的数据库 。截止到目前为止，该数据库从PubMed数据库下载了784篇关于铁死亡的文章，并从中提取整理了259个调控基因、111个标记和95个铁死亡相关疾病 。FerrDb中的数据都可免费下载和使用。

FerrDb网址：http://www.zhounan.org/ferrdb

一、网站主页

二、直接搜索基因

在检索框中，输入我们想讨研究的铁死亡基因，我们以GPX4为例。

在结果页面我们可以看出在Driver，Inducer, Inhibitor和Disease分类中无结果，在Suppressor和Marker分类中检索到了结果，说明GPX4是铁死亡的抑制基因和标志物。结果中GPX4的相关信息包括ID、验证方法、实验对象、作用途径、蛋白编号和参考文献等等。

Ø  点击“View”可以看到详细的基因铁死亡作用途径：

Ø  点击“UniProtKB” 蓝色链接可以直接进入Uniport网站查看该基因其他更多的详细信息 ：

Ø  点击“PMID” 可以直接链接到pubmed中的参考文献：

三、六种分析模块

在网站首页我们可以看到有六个研究模块，包括Drivers ，Suppressors ，Markers ，Inducers， Inhibiters和 Diseases。

Ø  Drivers模块研究促进铁死亡的基因；

Ø  Suppressors模块研究抑制铁死亡的基因；

Ø  Markers模块研究标记铁死亡发生的基因；

Ø  Inducers 模块研究可以引起铁死亡的小分子；

Ø  Inhibiters模块研究可以抑制铁死亡的小分子；

Ø  Diseases模块研究与铁死亡相关的疾病和铁死亡在其中的作用。

我们以Driver和Disease为例：

Ø  点击Driver，进入如下页面：

这里展示的基因的信息与上述一致，包含ID、验证方法、实验对象、作用途径、蛋白编号和参考文献等等，不再展开介绍。

Ø  点击Disease，进入如下页面，显示与铁死亡相关的疾病，涉及的基因链接和文献链接：

四、主菜单功能

主菜单中可以直接找到在主页面直接链接的部分内容，另外，可以从主菜单中进入数据下载和基因互作网络展示等。

Ø  在Brower下拉框中，前面的几项与主页面的链接内容是一样的，多了一项Multirole regulator，点击后，出现如下表格：

点击某一基因，进入基因信息页面，与直接搜索某基因的结果一致：

Ø  点击“Download”，进入以下页面：

在铁死亡相关文献中发现了259个基因，这些基因的注释揭示了108个驱动基因，69个抑制基因和111个基因标志物。这三种基因之和是288个基因，与259个不符，是因为有多个基因属于多个注释集，如venn图所示。表格中也展示了调控铁死亡的小分子数量，及其中被标记为诱导剂和抑制剂的数量，铁死亡关联的疾病种类的数量等。在Annotation data中，这些数据可以以不同的文件形式下载。

Ø  点击“Utilities”下拉框中的“regulation network”，进入以下页面：

可以选择展示Driver或Suppressor的网络，是整合各个途径来生成的调控网络，并可以点击特定节点查看子网络：

比如，我们点击Suppressor中的TP53，可以生成TP53的调控子网络：

结语

本次铁死亡数据库的使用就展示到这里，里面细节的部分，小伙伴们可以根据自己的需要进一步挖掘内容，一起实操起来吧！

参考文献

Zhou N, Bao J. FerrDb: a manually curated resource for regulators and markers of ferroptosis and ferroptosis-disease associations. Database (Oxford). 2020;2020:baaa021. doi:10.1093/database/baaa021