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波多黎各政府为三权分立联邦制：行政部门、立法部门、与司法部門。其中行政部门由民選总督领导（相当于州长），也是波多黎各最高行政长官；立法部门为两院制波多黎各立法議會，由参议院和众议院組成；司法部门大法官由总督提名经参议院同意任命。波多黎各司法体制为混合欧陆法系和英美法系，因为之前西班牙为欧陆法系但美国则为英美法系。总督和议员为直接民选，每任任期四年。波多黎各共划分为78个市（municipalities），分别选出自己的市长和市议会。

波多黎各政治定位

波多黎各仍為美國的一個「未合并领土」，但其人口数量超過其中的22个州（其它四個美國「未合并领土」的人口数量均小于人口最少的怀俄明州）。

2012年11月6日，波多黎各公投61%贊成成为美国第51州。这是举行的类似公投中的第四次；前三次赞成建州者均未达到多数。此次公投由兩輪投票構成。在第一輪中，波多黎各人就“在與美國關係上是否想改變現狀”進行投票。180萬人具有投票資格，有6.5萬人放棄了第一輪投票，在參加投票的人中，54%的人支持改變關係。隨後，波多黎各人就如何作出改變進行選擇，有“成為美國一州”、“擴大自治權”和“完全獨立”三個選項供投票者選擇。在此輪投票中，只有130萬人進行投票，最终61%的民眾支持成為美國第51個州，33%希望擴大自治權，而僅有5%的人贊成完全獨立。但尚需美国国会通过才能真正成为一州。

波多黎各的现状很难在短时间内改变。长达一个世纪以上的美国管辖使得波多黎各在经济上严重依赖美国，其传统拉丁文化和语言也严重美国化，更多人使用英語。老一代的独立派几乎绝迹，独立派也已经非常少。主流是维持现状派和建州派。近几年的经济衰退及糟糕的财政赤字又使得建州派增长迅速。惟波多黎各政府現在不穩定的财政措施，以及瀕臨破產與經濟蕭條，美國作為管理者並不想收入囊中，使得美國的波多黎各雖有加入意願，但建州的路趨於困難。

投票权

波多黎各人在美国总统大选同一日选出总督。島上的居民没有美國总统投票权，移居美国本土的居民則拥有投票权。波多黎各人可以参与两党总统候选人的党内初选代表选舉。尽管美国公民移居海外者可以在外国的大使馆等进行缺席投票，但是任何美国人移居波多黎各后将丧失美国总统选举投票权（等同波多黎各人）,除非以后再次回到本土居住。波多黎各選舉產生波多黎各居民代表，是波多黎各在美國眾議院的代表，僅有發言權而沒有表決權。

公民权

波多黎各的美国国籍是1917年美国国会通过的琼斯法案（英语：Jones–Shafroth Act）的一个部分而给予波多黎各人的，是美国国会赋予美国法律在波多黎各的衍生。100年以来，实际操作上波多黎各的美国国籍与美国联邦的美国国籍没什么不一样，但是理论上存在与美国宪法上赋予的属于联邦地区的公民权不一样的可能性。当时该法案是帮助美国招募岛上男丁参加第一次世界大战而产生的。由于理论上波多黎各的美国公民权是美国国会赋予而不是美国宪法赋予，使得是否存在国会可以在将来剥夺波多黎各的美国公民权之可能性存在争议。1998 Jennifer Efron 入禀美国最高法院来确认其出身在波多黎各的人的美国籍是否是可以被撤销的。美国最高法院最后不出意料的拒绝审理此案。类似的法案来自美国关岛和美属萨摩亚等其他领地也被最高法院拒绝审理而不置可否。考虑到在美国出生的波多黎各人已经比在岛上的波多黎各人口多很多倍，且他们都有国会和总统投票权，使得这种争议的结果在将来实际发生可能性微乎其微。该争议最终会以将来波多黎各加入美国联邦或独立而解决，但是可能需要很长时间。