【菜鸟博士】Simca-P Pattern Recognition （PCA OPLS-DA HCA）操作说明

Pattern Recognition （PCA OPLS-DA HCA）操作说明

Simcap 14.0

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数据要求：

列在Excel表：

组别：Observations（eg。产地，年份）作为Rows。

变量：Variables （成分，活性的Values）作为Columns。

分析的Values：峰面积，含量，丰度，表达量等。

Step1：

步骤如下：建立project

File>New project>open excel数据

或者cancel之后，File>New spreadsheet>from file(准备好excel数据) or Blank（可以自己复制，粘贴数据）

Step2：定义Column和Raw的ID, Column和Raw只能定义一个primary ID，其他的label可以作为secondary ID，空白区域的 Column和Raw选择exclude>finish>保存在合适位置，后缀名usp.

Step3：PCA analysis：

Finish后默认PCA>Autofit即可

各种PCA下的各种图

修改模型参数（如定义分组）right click空白区域（project window）>edict Model,在advanced mode下修改

Class可以定义分组

右Click图形区域>Format Plot 修改图形参数

PCA下的HCA：菜单栏analysis>HCA 参数设置（分类参数，颜色）right click图形空白>properties

Step4： PCA模型修改为OPLS-DA模型：

right click空白区域（project window）>New as model>next

genj

Class：对组别进行分类>next

选择PLS模型

Change Type可以修改为需要的正交模型OPLS-DA

其他图形Score Plot参数和如PCA，VIP值在Favorites>PLS plots 选择。