时空日报 | Circulation：心脏纤维化治疗新靶点FIXER的鉴定
大家好，欢迎观看《时空日报》第11期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计5篇。以下是应用华大时空StereoCopilot生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、通过scRNA-seq评估心脏非编码转录组并鉴定了一种保守的促纤维化长链非编码RNA FIXER
Assessment of the cardiac noncoding transcriptome by single-cell RNA sequencing identifies FIXER, a conserved profibrogenic long noncoding RNA
Circulation; IF: 37.800; DOI: 10.1161/CIRCULATIONAHA.122.062601
内容概要：通过scRNA-seq分析梗死后心脏非肌细胞中的非编码转录组（long noncoding RNAs，lncRNAs），发现lncRNA表达足以识别构成哺乳动物心脏的各种细胞类型。专注于心脏成纤维细胞及其衍生物，鉴定了lncRNA FIXER，它可作为心脏纤维化的新治疗靶点。
2、炎症性和耐受性髓系细胞决定人类过敏原挑战后的结果
Inflammatory and tolerogenic myeloid cells determine outcome following human allergen challenge
The Journal of Experimental Medicine; IF: 15.300; DOI: 10.1084/jem.20221111
内容概要：通过对30例过敏性鼻炎和27例非过敏性受试者的鼻活检细胞的免疫细胞进行单细胞蛋白质组和转录组分析，发现了参与气道过敏性炎症的单核吞噬细胞系统（mononuclear phagocytic system，MPS）细胞簇，强调了非过敏性个体中骨髓来源的抑制性细胞（myeloid-derived suppressor cells，MDSCs）对过敏原的非炎症先天性MPS反应的新作用。未来的治疗应将MDSC活性作为炎症性气道疾病的治疗方法。
3、LRT：整合分析scRNA-seq和scTCR-seq数据以研究克隆分化轨迹异质性
LRT: Integrative analysis of scRNA-seq and scTCR-seq data to investigate clonal differentiation heterogeneity
PLoS Computational Biology; IF: 4.300; DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011300
内容概要：介绍了一种用于综合分析scRNA-seq和scTCR-seq数据以探索克隆分化轨迹异质性的计算框架——LRT，该框架利用scRNA-seq数据的转录组信息构建整体细胞轨迹，并利用TCR序列信息和表型信息识别具有不同分化偏倚的克隆型簇。该框架已经实现为R包“LRT”(https://github.com/JuanXie19/LRT)，并提供了两个Shiny应用程序，允许用户交互式地探索克隆型的分布、进行库分析、实现克隆型聚类、轨迹偏倚性评估和克隆型簇表征。
4、TIME for bugs：癌症前期的免疫微环境和微生物
TIME for bugs: the immune microenvironment and microbes in pre-cancer
Cancer Prevention Research; IF: 3.300; DOI: 10.1158/1940-6207.CAPR-23-0087
内容概要：该综述主要探讨肿瘤免疫微环境（tumor immune microenvironment，TIME）在早期癌前病变中的作用，包括宿主基因组和外部因素（如饮食和微生物组）对治疗反应的影响，并介绍了新的研究方法，如空间转录组学和蛋白质组学与创新的采样方法相结合，以提高对早期癌前病变免疫微环境的精准靶向。
5、整合基因组和单细胞转录组分析揭示单倍体同种异体造血干细胞移植后供体细胞白血病的克隆进化和免疫特征
Integrated genomic and single-cell transcriptomic analyses reveal clonal evolution and immune signature in donor cell leukemia after haploidentical allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
Leukemia and lymphoma; IF: 2.600; DOI: 10.1080/10428194.2023.2232493
内容概要：报告了一例受者发生迟发性供体细胞白血病（donor cell leukemia，DCL）的罕见病例。通过全基因组测序和scRNA-seq分析，发现供体细胞中存在克隆性造血干细胞增殖，进而发展为急性髓系白血病。同时，DCL中存在大量具有特异性转录组特征的GMP-like细胞和免疫监视功能障碍。这些发现对于深入了解DCL的发生机制具有重要意义。
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