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提取CIF中的hkl和res文件

2023-10-12 10:53 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

2014及更高版本的SHELXL[1]在精修时,会自动将hkl文件和res文件写入CIF文件中(如果使用Olex2[2],请参阅推文“Olex2中在CIF中嵌入hklres数据”)。拿到这样的CIF文件,可以从CIF文件中重新提取出hkl文件和res文件来进行结构解析和精修。

 

案例来源:Angew. Chem. Int. Ed. 2022, 61, e202206022. (DOI10.1002/anie.202206022)

CIF文件:anie202206022-sup-0001-1-3.cifA

描述:该CIF文件中包含三个晶体数据,数据名称分别为123B

▲图A 案例CIF文件



▲图B 案例CIF文件中的三个数据



 

一、复制粘贴

用记事本的方式打开CIF文件,搜索关键词“_shelx_hkl_file”定位到嵌入CIF中的hkl文件位置,如1.1所示,其hkl文件从第1157行到第34776行,复制该部分内容(即从第一个衍射点-1 0 0 735.63 12.10到最后一个衍射0 0 0 0.00 0.00),创建一个txt文本文档,并将复制的内容粘贴到该文档中,注意,除了衍射点外,不要复制任何其他内容,第一个衍射点-1之前的空格也要复制进来。

▲图1.1 CIF中hkl文件位置及创建txt文本文档



 

然后将该txt文本文档“新建文本文档.txt”重命名为“1.hkl”即可创建第一个数据的hkl文件,如1.2所示。

▲图1.2 手动创建的hkl文件1.hkl



 

CIF文件,搜索关键词“_shelx_res_file”定位到嵌入CIF中的res文件位置(就在hkl文件位置之前),如1.3所示,其res文件从第706行到第1106行,复制该部分内容(即从TITL开始到最后一行),创建一个txt文本文档,并将复制的内容粘贴到该文档中。

▲图1.3 CIF中res文件位置及创建txt文本文档



 

然后将该txt文本文档“新建文本文档.txt”重命名为“1.res”即可创建第一个数据的hkl文件,如1.4所示。

▲图1.4 手动创建的res文件1.res



 

然后用软件如Olex2打开该res文件,并选择相应的hkl文件,即可进行解析或精修等操作,如1.5所示。

▲图1.5 Olex2打开手动创建的res文件



 

二、Olex2提取

Olex2打开文件anie202206022-sup-0001-1-3.cif,背景输出提示有三个数据,Olex2-1.2Olex2-1.3Home>>Multiple Dataset中可进行数据切换,如2.1–2.2所示。

▲图2.1 Olex2-1.2的Home>>Multiple Dataset界面


▲图2.2 Olex2-1.3的Home>>Multiple Dataset界面



 

Olex2-1.5Home下没有Multiple Dataset选项,无法进行数据切换,如2.3所示。

▲图2.3 Olex2-1.5打开多数据CIF文件界面



 

在没有Multiple Dataset选项的Olex2-1.5中,只能提取第一个数据的hklres文件。而在有Multiple Dataset选项的Olex2-1.2Olex2-1.3中,根据需要切换到想要的数据。然后,在Work>>Refine下有三个选项“Extract res/hkl”“Extract and open directory”和“Extract and open”,如2.4所示。

▲图2.4 Olex2中提取hkl和res文件界面



 

根据需要点击其中一个选项即可:

Extract res/hkl:将CIF中的hklres文件提取到工作目录

Extract and open directory:将CIF中的hklres文件提取到工作目录并打开工作目录

Extract and open:将CIF中的hklres文件提取到工作目录并打开该res文件

 

三、FinalCif提取

FinalCif打开文件anie202206022-sup-0001-1-3.cif,在Data Name下拉菜单中选择数据,然后点击右下角的“Extract .hkl/.res File”即可提取相应数据的hklres文件,如3.1所示。

▲图3.1 FinalCif提取hkl和res文件界面



 

FinalCif提取的文件会在原来的文件名上加一个“-finalcif”后缀,如3.2所示,根据需要对这两个文件进行重命名即可。

▲图3.2 FinalCif提取的hkl和res文件



 

参考文献

[1] (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history of SHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[2] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

 


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