零代码生信分析在线工具重磅出炉！免疫浸润、机器学习等通通不在话下，以一篇8分+单基

2023-02-20 19:00 作者:尔云间 0人读过 | 我要投稿

想做生信分析不会写代码？

这个零代码分析工具绝对值得拥有！

而且免费！免费！免费！

小云今天给大家介绍一个云生信团队开发的零代码生信分析在线工具（网址：http://www.biocloudservice.com/home.html ），里面有超多分析的小工具可以使用：（图片展示的只是冰山一角~）

而且分析结果是可以直接用到文章里的哦，操作非常简单，每个小工具都有对应的使用说明、常见问题和输入数据模板：

有了这个在线分析工具，导师再也不用担心我不会生信分析啦~

小云今天以一篇单基因分析文章为例，看看我们的小工具能够分析哪些内容呢？

（不想自己分析也可以找小云帮忙，超多个性化、创新性高的分析思路供你选择！）

题目：鉴定ZBTB9作为对抗肿瘤细胞增殖异常的潜在治疗靶点和一种新的肝细胞癌生物标志物

杂志：Journal of translational medicine

影响因子：8.44

发表时间：2022年12月

研究思路

在肝细胞癌(LIHC)中，ZBTB9蛋白的作用及其预后价值尚不明确。采用R软件和GEPIA2、cBioPortal、TIMER2、metscape、UALCAN、STRING、TISIDB、COSMIC等在线生物信息学分析工具，研究ZBTB9在LIHC中的异常表达、致癌作用、相关信号通路及预后价值等特征和功能。此外，进行细胞实验和基于临床样本的分析来验证关键结论。

主要结果

1. 分析ZBTB9在LIHC中的异常表达及其与临床病理特征的相关性

ZBTB9在包括LIHC在内的多种癌症中均高表达 (图1A)。TCGA LIHC数据显示，与相邻正常组织和GTEx正常组织相比，LIHC样本中ZBTB9表达显著上调(图1B)。GEO数据分析显示ZBTB9在LIHC肿瘤组织中上调(图1C, D)。免疫组化结果也证实ZBTB9蛋白在肿瘤样本中明显升高(图1E-H)。

通过UALCAN数据库分析了ZBTB9表达水平与不同临床特征的相关性，发现ZBTB9高表达与个体分期和肿瘤分级较高有显著相关性(图1M, N)。

图1. ZBTB9的表达

小云说：分析单基因在泛癌中的表达可以采用云生信在线工具中的“基因在肿瘤与正常组织中的差异表达”模块进行分析。

可以直接在主页找到这个模块：

也可以在主页的搜索框中搜索“差异表达”，再选择对应的模块进行分析：

一键出结果：

可以对结果进行预览/下载，生成的结果图可以直接用于文章中哦：

1. ZBTB9基因突变及启动子甲基化分析

通过cBioPortal数据库分析ZBTB9基因突变类型和位点(图2A-B)，使用COSMIC在线工具对突变类型进行了分析(图2C)。通过UALCAN进行启动子甲基化分析，结果显示，LIHC肿瘤组织中ZBTB9的启动子甲基化水平明显低于相邻正常组织(图2D)。启动子甲基化程度越低，肿瘤分期和肿瘤分级越高。

小云说：云生信在线工具中有多种甲基化分析小工具可以使用，可以根据需要选择：

2 预后和诊断价值分析

ZBTB9的高表达与明显较短的OS和较短的DSS相关(图3A, B)。ZBTB9是LIHC患者OS的危险因素(图3C)。ZBTB9也是多种癌症的危险因素(图3D)。这些结果表明，较高水平的ZBTB9与肿瘤患者预后较差有关。诊断受试者工作曲线(ROC)下面积为0.909 (图3E)。

图3. ZBTB9高表达提示LIHC患者生存期较差

3. 不同亚型的生存分析

采用Kaplan-Meier生存曲线分析，评价ZBTB9在不同临床特征下的预后价值。结果表明,高ZBTB9表达在多个临床亚型中是一个风险因素(图4)。

图4. ZBTB9在不同临床亚型的生存分析

小云说：生存分析可以使用云生信在线工具中的“生存分析”模块分析，

根据需要选择对应的小工具进行分析，结果展示：

4. ZBTB9表达与肿瘤免疫微环境（TIME）的相关性

对LIHC中淋巴细胞浸润、趋化因子、免疫检查点抑制剂和免疫检查点刺激剂之间ZBTB9表达的相关性进行了分析。结果表明，ZBTB9与主要免疫细胞的浸润呈负相关(图5A, B)，与抑制剂呈负相关(图5C, D)，与刺激因子的相关性仍以负相关为主(图5E, F)。表明ZBTB9高水平的患者肿瘤部位免疫效应细胞浸润较少，可能对免疫检查点抑制剂治疗反应较低。

图5.ZBTB9水平与免疫微环境的相关性分析

小云说：免疫细胞浸润可以使用云生信在线工具进行分析，提供不同的工具可以根据需要进行选择哦~

5. 基因集富集分析(GSEA)

基于Hallmarks基因集的富集结果表明，高ZBTB9与E2F靶标、G2M检查点、KRAS信号DN等信号通路的激活有关(图6A-E)。相关分析显示，ZBTB9的表达与KRAS信号通路的核心分子有明显的相关性(图6F - J)。

图6. ZBTB9高表达组与ZBTB9低表达组基因集富集分析

小云说：基因富集分析也可以使用云生信在线工具进行分析~

6 药物-疗效分析

通过CellMiner获取药物药理疗效和mRNA水平的数据，分析药物IC50与ZBTB9基因表达水平的相关性(图7),有助于优化指导ZBTB9高表达LIHC患者的个性化治疗。

图7.散点图显示ZBTB9表达与药物IC50的相关性

小云说：云生信在线工具也有多种药敏性分析小工具可以使用~

7. ZBTB9相关基因的鉴定及生物学功能分析

使用STRING工具分析得到10个ZBTB9互作蛋白 (图8A)。通过GEPIA2工具获得了与LIHC中ZBTB9表达正相关的前50个基因，对这些基因进行GO/KEGG分析（图8B、C）。metscape的结果表明这50个基因与mRNA代谢过程和染色质组织核糖核蛋白复合物的生物发生有关(图8D)。通过TIMER2分析前10个相关基因和PPI前10个相关蛋白，与ZBTB9在癌症间的共表达情况，在大部分癌症中，这20个基因大多与ZBTB9共表达(图8E, F)。