MulticoreTSNE安装

MulticoreTSNE安装极易报错

ModuleNotFoundError: No module named 'MulticoreTSNE'

需先进行特定版本的cmake安装

pip install cmake==3.18.4

然后

pip install MulticoreTSNE

在实际运行的时候报错

Cannot find/open tsne_multicore shared library

cannot load library '/xxxx/miniconda3/xxx/site-packages/MulticoreTSNE/libtsne_multicore.so':

 /xxxx/miniconda3/xxx/site-packages/scipy/_lib/_uarray/../../../../../libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29' not found

 (required by /xxxx/miniconda3/xxx/site-packages/MulticoreTSNE/libtsne_multicore.so)

确认错误来源

$ real path /xxxxx/miniconda3/xxx/scipy/_lib/_uarray/../../../../../libstdc++.so.6

$ /xxxx/miniconda3/xxx/lib/libstdc++.so.6.0.26

$ strings /xxxx/miniconda3/xxx/lib/libstdc++.so.6.0.26  | grep GLIBCXX_3.4.29

$ # return nothing

查找miniconda中有的动态库

find /home/xxx/tools/miniconda3 -name libstdc++.so.6

strings /home/xxx/tools/miniconda3/envs/i2v/lib/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX_3.4.29

找到后进行替换

$ mv /xxxx/miniconda3/xxx/lib/libstdc++.so.6.0.26 /xxxx/miniconda3/xxx/lib/libstdc++.so.6.0.26_bak

$ ln -s /usr/lib/libstdc++.so.6.0.29 /xxxx/miniconda3/xxx/lib/libstdc++.so.6.0.26

再次运行就可以了。

因此可以从头开始，

pip uninstall cmake

pin install cmake

pip uninstall multicoretsne

pip install MulticoreTSNE

按照前述的方法替换GLIBCXX_3.4.29

重新加载python环境再次运行即可。