DEGseq进行差异表达分析
!注意是DEGseq,不是DEseq2
DEseq2是由美国北卡罗莱纳大学教授Michael Love于2014年发布的包,是目前差异表达分析的主流工具,只适用于counts,需要生物学重复,且只接受整数。
DEGseq是由清华大学生物信息学重点实验室于2010年发布的包,适用于counts与RPKM等标准化,无需生物学重复,数据不必为整数。
网上能搜到的DEGseq笔记太少了,搜出来全是DEseq2的
安装需要用到BiocManager
我这里输入的gh和gb均为19列的数据框,前18列是表达量(没有生物学重复),第19列是我自行加上的gene ID(便于后续输入),这里分析的是数据框第14列的数据。
method有多种可选,详见说明书。
演示代码的输出结果有图和表,表有log2FC和p值(还有z值和q值(?