差异表达 mRNA 和 lnRNA 的鉴定

为了便于理解本研究，将整个工作流程展示如下：。原始数据从GEO数据库中的GSE92724数据集下载，利用从Genecode数据库下载的注释信息识别出8206个mRNA和2025个lncRNA。使用edgeR包来识别差异表达的mRNA和lncRNA，严格的截止阈值为|logFC | > 1 且 FDR <0.05。与正常样本相比，糖尿病真皮血液内皮细胞中有12个DElncRNA和711个DEmRNA存在差异表达，其中9个lncRNA和614个mRNA下调，3个lncRNA和97个mRNA上调。糖尿病患者与健康对照之间真皮血液内皮细胞DElncRNA和mRNA的火山图

DEmRNA 的功能富集分析

为了确定显着上调和下调的 DEmRNA 的功能，使用“clusterProfiler”R 软件包进行 GO 富集分析和 KEGG 通路分析。BP分析显示DEmRNA主要富集于上皮细胞增殖、上皮细胞增殖的调节以及上皮细胞发育等方面。CC 分析显示，DEmRNA 在细胞-细胞连接、含胶原的细胞外基质和基底外侧质膜中显着富集。MF分析显示DEmRNA在细胞粘附分子结合、整合素结合和糖胺聚糖结合方面显着富集。KEGG通路富集分析结果表明，主要通路包括PI3K−Akt信号通路、细胞因子−细胞因子受体相互作用、MAPK信号通路和MAPK信号通路均参与DEmRNAs。

ceRNA网络的构建

为了建立ceRNA网络，进一步分析了starBase数据库中可用的DElncRNA，并在lncLocator数据库中预测了这些lncRNA的亚细胞定位。预测的所有 7 个 DElncRNA 均位于核外（表2）。使用starBase 数据库预测潜在的DElncRNA 靶向miRNA。然后，通过 Targetscan、miRTarbase 和 miRDB 数据库评估 DEmRNA-miRNA 对。当DElncRNA-miRNA对和DEmRNA-miRNA对包含共同的miRNA时，它们被选择来构建ceRNA网络。ceRNA网络总共有183条边和114个节点，包括7个lncRNA、49个miRNA和58个mRNA

ceRNA网络的功能富集分析

为了进一步了解ceRNA网络中目标mRNA的功能，进行了GO富集分析和KEGG通路分析。GO 和 KEGG 分析的完整列表见补充表 S4-S5。BP分析显示，靶向mRNA主要富集于细胞外结构组织、肌动蛋白细胞骨架组织调节和细胞外基质组织。CC分析显示，靶向mRNA主要富集在含胶原的细胞外基质、基底外侧质膜和基底外侧质膜中。MF分析显示，靶向mRNA主要富集于细胞外基质结构成分、整合素结合和细胞粘附分子结合。KEGG通路富集分析结果显示，靶向mRNA主要富集于糖尿病并发症中的细胞粘附分子、PI3K-Akt信号通路和AGE−RAGE信号通路

关键ceRNA子网络的传导

为了找出关键的lncRNA相关的ceRNA子网络，使用Cytoscape内置的“cytoHubba”工具评估了该ceRNA网络中每个基因的节点度。如所列表3，共公开14个节点度不低于6的基因，其中包括2个lncRNA（MSC-AS1，LINC01550）。然后，提取hub lncRNA的相互作用以进行相关的ceRNA子网络，MSC-AS1相关的ceRNA子网络由25个miRNA、26个mRNA和85个边缘组成。LINC01550 相关的 ceRNA 子网络由 13 个 miRNA、14 个 mRNA 和 49 个边缘组成。