双硫死亡的生信文章已发10篇？都用的哪些分析思路？避免思路撞车的进来看！

你知道双硫死亡已经完成几篇生信文章了吗？

都用的哪些分析思路？

    

2023年2月份提出了双硫死亡这一新型的细胞死亡类型，关于双硫死亡的内容大家应该都有所了解了，在这就不再赘述。

小云今天既不谈分子机制，也不讲分析套路，就带大家一起来看看三个月的时间，到底出了多少文章。

目前包括预印本在内，一共10篇。其中已经发表的1篇，预印本9篇，其中6篇处于under review。涉及的癌型包括膀胱癌、结肠癌、胃癌、肝癌、头颈部鳞状细胞癌、肺腺癌、甲状腺癌、肾透明细胞癌、前列腺癌。文章思路涉及疾病分型、预后模型、单基因分析和lncRNA。预期影响因子范围在3.307 ~6.429之间。

已发表的这篇文章，小云已经简单介绍过了，感兴趣的小伙伴可以点击文末链接观看~

（不知道如何设计分析思路的可以咨询小云哦，多种个性化分析思路等你来选~）

接下来小云将为大家逐一解析另外9篇预印版文章。如果里面有你关注的疾病方向，还想做双硫死亡方向的生信分析，要注意避免撞车哦！

    

文章详解：

1. 题目：一种与结肠腺癌预后相关的双硫死亡基因的鉴定

1) 影响因子: 4.996 (3区Q2)

2) 中南大学湘雅二医院

3) 所用的双硫死亡基因：105个基因

4) 主要内容：（纯生信，预后模型思路）

分析公共数据库中结肠腺癌(COAD)患者的mRNA表达数据和临床信息。使用机器学习算法选择4个双硫死亡的关键基因并构建signature。这些基因可以预测COAD患者的预后，还发现这些基因影响COAD患者的肿瘤微环境(TME)、药物敏感性和免疫微环境。

没有实验验证，在HPA数据库中检索肿瘤组织中TRIP6和MYH3的免疫组化染色数据，观察到所分析的肿瘤组织中这些基因的蛋白表达较高。

2. 题目：肝细胞癌的双硫死亡分型与临床预后及免疫状况的关系

1) 安徽省第二人民医院

2) 所用的双硫死亡基因：15个基因 (FLNA, FLNB, MYH9, TLN1, ACTB, MYL6, MYH10, CAPZB, DSTN, IQGAP1, ACTN4, PDLIM1,CD2AP, INF2, SLC7A11)

3) 主要内容：（纯生信，预后模型+疾病分型思路）

基于双硫死亡模型建立风险评分模型，分析风险评分在临床预后、免疫细胞浸润、药物敏感性和免疫治疗反应中的作用。根据15个双硫死亡相关基因(DRGs)的转录谱构建了双硫死亡亚型。根据双硫死亡风险评分定义为高风险组(HRG)和低风险组(LRG)。通过免疫表型评分(IPS)、肿瘤预测、肿瘤免疫功能障碍和排斥反应(TIDE)计算药物敏感性和免疫治疗反应。采用RT-qPCR法检测10对HCC及其相邻正常组织中双硫死亡预后基因mRNA表达水平。HPA数据库分析关键蛋白的表达。

（ps：药敏性分析和免疫浸润分析等可以用小云新开发的零代码生信分析小工具实现，云生信分析工具平台包含超多零代码分析和绘图小工具，上传数据一键出图，感兴趣的小伙伴欢迎来尝试哟，网址：http://www.biocloudservice.com/home.html ）。

 

3. 探讨头颈部鳞状细胞癌中双硫死亡相关基因的特征及功能意义

1) 台州市中心医院

2) 所用的双硫死亡基因：77个

3) 主要内容：（生信+简单验证，预后模型+疾病分型思路，应用单细胞数据和空间转录组数据等多组学分析）

通过分析bulk RNA序列数据，对肿瘤微环境(TME)中细胞的相对组成、突变景观、lasso回归分析和预测临床结果进行分析。采用qRT-PCR验证HNSCC组织中预后模型基因的表达。此外，通过Seurat、CopyKAT和monocle2分析单细胞序列数据(scRNA)，揭示双硫死亡相关基因的表达特征。此外，通过STUtility、SpaCET和SPATA2明确了空间转录组数据中每个细胞亚组的空间分布特征以及癌症相关成纤维细胞(CAFs)的功能意义。

4. 通过多组学分析鉴定和验证肺腺癌的双硫死亡模式和肿瘤微环境浸润特征

1) 影响因子: 3.32 (3区Q3)

2) 天津医科大学总医院

3) 所用双硫死亡基因：8个（SLC7A11、SLC3A2、PSMD2、NCKAP1、CYFIP1、WASF2、ABI2、BRK1）

4) 主要内容：（生信+简单验证，疾病分型+预后模型思路，多组学分析）

分析双硫死亡调节因子的表达谱和遗传变异特征，并确定了它们与癌症患者预后的相关性。通过qRT-PCR验证SLC7A11和SLC3A2 mRNA的表达水平。识别两种不同的双硫死亡模式，高双硫死亡模式(HDPS)和低双硫死亡模式(LDPS)，使用多组学数据（单细胞数据、DNA甲基化等）进行分析。单样本基因集富集分析(ssGSEA)用于鉴定几种信号通路的富集部分。采用TIMER、CIBERSORT、QUANTISEQ、MCPCOUNTER、XCELL、EPIC、SVR和LSEI等算法比较亚组间的免疫细胞浸润。药敏性分析和突变分析。采用RSFVH算法确定8个双硫死亡相关基因特征，构建风险评分模型，将患者分为高风险组和低风险组，并进行TCGA队列验证。

5. 鉴别一种独特的关于甲状腺癌预后和免疫景观的双硫死亡分类，并提供治疗策略

1) 影响因子: 4.322 (3区Q2)

2) 沭阳县中医院

3) 所用双硫死亡基因：24个

4) 主要内容：（纯生信，疾病分型和预后模型思路，bulk RNA数据+单细胞分析）

利用24个与双硫死亡相关的基因进行疾病分型和预后模型。从TCGA数据库中获取了甲状腺癌患者的基因表达谱、体细胞突变信息、拷贝数变异数据以及相应的临床数据。从GEO数据库中获得单细胞转录组数据GSE184362进行进一步分析。

6. 基于双硫死亡相关lncRNAs的胃癌预后风险模型构建及免疫景观分析

1) 影响因子: 3.622 (3区Q2)

2) 安徽医科大学第三附属医院(合肥市第一人民医院)

3) 所用双硫死亡基因：13个

4) 主要内容：（纯生信，lncRNA预后模型思路）

从TCGA下载胃癌患者的RNA测序数据、临床数据和基因突变数据。通过Pearson相关分析筛选13个双硫死亡基因相关的lncRNAs。首先，将TCGA数据随机分配到训练集和验证集。然后，利用单变量和多变量Cox回归模型以及最小绝对收缩和选择算子(LASSO)在训练集中建立预测风险模型。通过验证集和整个集的受试者工作特征(ROC)曲线和一致性指数(C-index)对模型的预测值进行验证。采用单因素和多因素Cox回归分析、nomogram和临床病理特征的相关性分析来证实预后风险模型的临床实用性。最后，我们进一步采用肿瘤突变负荷(TMB)和肿瘤免疫功能障碍与排斥(TIDE)评分来评价免疫治疗的有效性，并分析相关药物的敏感性。

7. 5个双硫死亡相关lncRNA特征用于预测肾透明细胞癌预后和免疫活性

1) 滨海县人民医院

2) 所用双硫死亡相关基因：10个

3) 主要内容：（生信+简单验证，lncRNA预后模型思路）

RNA-seq及相关临床数据来自TCGA数据库。采用Pearson相关分析筛选双硫死亡相关的lncRNAs（DRlncRNAs）。单因素Cox回归、lasso算法和多因素Cox回归分析鉴定出DRlncRNAs并建立预后模型。评估模型可靠性的多种方法。此外，对模型进行基因集富集分析(GSEA)、免疫浸润分析、体细胞突变分析和药物预测。qRT-PCR鉴定了DRlncRNAs在细胞系内的表达。

8. NCKAP1在前列腺癌中的临床价值及潜在机制的生物信息学分析

1) 影响因子: 3.307 (4区Q2)

2) 三峡大学科学技术学院

3) 所用双硫死亡相关基因：1个（NCKAP1） 

4) 主要内容：（纯生信，单基因分析思路）

基于TCGA数据，通过WGCNA筛选NCKAP1相关基因，并通过多组学分析探讨NCKAP1在前列腺癌(PRAD)中的临床价值和潜在机制。利用CIBERSORT和ESTIMATE计算来自TCGA数据库的481例PRAD患者的肿瘤浸润免疫细胞(TIC)比例以及免疫和基质成分的数量。HPA数据库验证蛋白的表达。

 

9. 双硫死亡相关的长链非编码RNA标记可预测结肠癌的预后、肿瘤微环境、免疫治疗和化疗选择

1) 影响因子: 6.429 (2区Q2)

2) 熊本大学医学研究生院和青岛大学附属医院

3) 所用双硫死亡相关基因：10个

4) 主要内容：（生信+简单验证，lncRNA预后模型思路）

从TCGA数据库获取结肠腺癌(COAD)样本的RNA转录组、临床信息和突变数据。首先通过Spearman相关分析，对双硫死亡相关基因与lncRNAs进行共表达分析，共鉴定出270个双硫死亡相关的lncRNAs，并采用Cox回归筛选预后lncRNAs，然后进行LASSO分析，构建风险模型。富集分析探索模型相关差异表达基因(MADEGs)的潜在生物学功能和信号传导。此外，通过分析MADEGs的TIME来评估免疫治疗。最后，通过青岛大学附属医院COAD患者标本验证lncRNAs的表达水平。

小云有话说

双硫死亡的生信还有很多其他的角度可以切入，感兴趣可以点击文末文章链接，回顾一下小云之前整理的双硫死亡8种可做的思路。短短3个月，目前能查到的生信文章已经有10篇了，新热点红利期千万不要错过，想第一波吃螃蟹的生信人抓紧上车啦！！