欢迎光临散文网 会员登陆 & 注册

基于3种细胞死亡基因构建死亡指数!还有临床疾病分组+实验验证助力,轻松拿下8分+生信

2023-02-24 19:00 作者:尔云间  | 我要投稿

现在分析自噬、凋亡或焦亡的思路还能发文章吗?

如果能怎么做?

可以将3种细胞死亡方式同时分析!

要说到细胞死亡方式,那可有太多种了,除了经典热门方向(自噬、凋亡和焦亡等),还有新晋热门方向(铜死亡、失巢凋亡等)。

但随着各个细胞死亡类型的生信文章越来越多,很多人会发现自己关注的疾病或者想分析的方向已经分析过了,遇到这种情况改怎么办呢?

(没有思路、不知道怎么创新的找小云,超多个性化的分析思路供你选择哦!)

今天小云教你一个解决办法,那就是可以将多种细胞死亡方式联合分析,一种不行就两种,两种不行就三种,三种还不行也可以考虑12种!比如这篇文章:

就是基于12种细胞死亡方式进行分析的:

今小云给你们看一篇基于3种细胞死亡方式(自噬、凋亡和焦亡)进行分析的文章,还可以参考作者分析疾病分组的思路,快来看看吧!

题目:头颈部鳞状细胞癌自噬、凋亡和焦亡相关基因预后特征的鉴定和验证:暗示HPV阴性患者的治疗选择

杂志:Frontiers in immunology

影响因子:8.786

发表时间:2023年1月

研究思路

从数据库获取自噬、凋亡和焦亡相关基因。基于头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的RNA测序数据建立了细胞死亡指数(CDI)。采用Kaplan-Meier、受试者工作特征(ROC)、单变量和多变量Cox回归分析验证CDI的预后价值,并采用GEO和医院数据集进行验证。进一步评估了高和低CDI评分患者的免疫微环境。此外,还探讨了特征基因在HNSCC细胞系中的表达。

主要研究结果

1. 自噬、凋亡和焦亡相关基因与HNSCC总生存相关

在TCGA数据集中采用单因素Cox回归分析筛选了48个与总生存相关的自噬、凋亡和焦亡相关基因,分析这些基因与临床病理特征的相关性(图1A)。采用LASSO回归模型筛选出27个基因,采用多因素Cox回归模型筛选出16个基因,包括5个凋亡相关基因、10个自噬相关基因和1个焦亡相关基因(图1B)。随后分析了这些基因的相关性(图1C)。

图1.生存相关的自噬、凋亡和焦亡相关基因的鉴定

1. 细胞死亡指数是判断HNSCC总生存的独立预后指标

基于这16个总生存相关基因,分别建立了自噬、凋亡、焦亡指标和联合细胞死亡指数(CDI)。在TCGA数据集中,高CDI评分的HNSCC患者与低CDI评分的患者相比,总体生存期更差(图2A)。GEO数据集和收集样本数据的到类似结果 (图2B-D)。时间依赖性ROC分析显示,CDI在预测总生存率方面表现出色(图2E)。此外,CDI预测5年总生存的AUC高于其他潜在生存相关因素(图2F)。单因素和多变量Cox回归模型发现CDI是总生存的独立预后指标(图2G)。构建nomogram并证明其可靠性(图2H-I)。

图2.CDI是HNSCC总生存期的独立预后指标

2. CDI对HPV阴性HNSCC患者表现出更强的预后影响,高CDI患者从放疗中获得生存益处

分析CDI对HPV阳性和阴性组总生存的影响,发现其对HPV阴性患者预后影响更大(图3A, B)。进一步评估高或低CDI评分的HNSCC患者是否从放疗或放化疗中获得了不同的生存获益(图3C, D)。表明尽管CDI评分高的HPV阴性患者表现出最差的结果,但他们仍可能从放疗中获得总体生存益处。

图3.CDI对HNSCC患者预后的影响并与放疗获益益处相关

2. 免疫微环境分析

低CDI评分的HPV阴性HNSCC患者具有较高的免疫评分和微环境评分(图4A)。应用反褶积算法评估不同CDI评分的HNSCC患者的免疫细胞浸润情况(图4B)。多个关键免疫检查点基因中在低CDI组HPV阴性HNSCC患者中表达增加(图4C)。表明低CDI评分的HPV阴性患者可能从检查点阻断剂中获益。

图4.HPV阴性亚组中高CDI和低CDI HNSCC之间的免疫微环境

不同CDI评分的HPV阴性HNSCC患者功能富集情况

分析了不同CDI评分的HPV阴性HNSCC患者差异表达基因(图5A)。GO富集分析显示,低CDI亚组上调基因主要富集在免疫功能相关通路(图5B, C)。KEGG富集分析表明,高CDI亚群中上调的基因主要富集在代谢相关通路。而低CDI亚组中上调的基因主要富集在免疫功能相关通路(图5D、E)。

图5.不同CDI评分的HPV阴性HNSCC患者功能富集情况

6. 细胞系验证关键基因的表达

使用qRT-PCR检测了两种HPV阴性HNSCC细胞CAL27和SCC-15中16个关键基因的表达水平。进一步检测凋亡、自噬相关蛋白的表达,以及自噬抑制剂和/或辐射处理对关键基因的影响。

图6. 细胞实验结果

 

总结

这篇文章最大的亮点就是同时分析了凋亡、自噬、焦亡3种细胞死亡相关基因,并构建了细胞死亡指数,与单一死亡方式相比,瞬间提升了创新性。另外,还可以借鉴作者主要对HPV阴性的患者进行分析,关注疾病的某一亚群也是比较好的分析角度,非常值得借鉴,尤其在你所关注的疾病已经有很多生信文章的情况下,可以尝试! 

如果你还苦恼于课题或分析没有思路,或者对多种细胞死亡等热点方向感兴趣的小伙伴快来联系小云吧!


基于3种细胞死亡基因构建死亡指数!还有临床疾病分组+实验验证助力,轻松拿下8分+生信的评论 (共 条)

分享到微博请遵守国家法律