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MIMIC数据库安装保姆级教程(下)

2023-07-24 12:02 作者:水无浅痕  | 我要投稿

安装前准备


执行安装前需要准备以下文件:

1,mimic数据导入脚本。

2,mimiciv数据文件。

mimic数据导入脚本可以在官方的github网址上下载,网址为:https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/main。

访问github网站需要科学上网,如果同学们不能访问,小编也已经把脚本准备好了,关注公众号“科研收录”,后台回复“mimic安装脚本”就可以获取下载地址。


mimiciv数据文件需要在官网申请权限才可以下载使用,不知道怎么申请的同学,可以参考小编以前的文章:

MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程(上)

MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程(下)


安装脚本介绍



原本官方的安装脚本一共有8个,但是我们一般只会使用其中的4个脚本就可以,为了简化学习,小编只列出了需要安装的这4个脚本:

以上4个脚本一定要按照顺序执行!!!

01

创建数据库

打开psql

在psql中执行以下代码创建mimiciv数据库

#创建mimic数据库
DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv;
CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;


02

创建表

执行以下语句创建表,注意:windows系统下脚本目录请使用正斜杠

#切换到mimiciv数据库
\c mimiciv
#生成表,create.sql是生成表的目录,注意使用正斜杠
\i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql


03

导入数据

执行以下语语句,通过7z加载mimiciv数据,其中mimic_data_dir为mimiciv数据存放路径

# 设置mimic数据存放路径
\set mimic_data_dir 'D:/mimic/mimiciv-data/mimic-iv-2.2'
# 加载数据
\i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sq


数据导入过程会比较漫长,一般需求几个小时才能完成,而且导入的过程中可能会出现假死的情况,需要每隔一小段时间按下Enter键以便继续导入。数据的导入完成后,可以在navicat上查看导入的数据。



04

创建主键

执行以下语句,创建表的主键

# 创建主键
\i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/constraint.sql




主键创建完毕后,可以在navicat中校验主键是否创建成功,在navicat中选中表,右键点击“设计表”,如果看到一个类似于钥匙的图标,则表示主键创建成功了。


05

创建索引

执行以下脚本创建索引

# 增加索引
\i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql



创建索引的过程也会比较长,可能会持续一个多小时,创建完毕后,可以在navicat中检查索引是否创建成功。选中表之后,右键点击“设计表”,然后点击“索引”选项卡,如果索引选项卡下有数据,则说明索引已经创建成功。



至此,mimiciv数据就成功导入到postgres了,如果需要安装脚本请关注公众号“科研收录”,后台回复“mimic安装脚本”即可。如果同学们在数据库安装过程中遇到任何困难,也可后台私聊小编。



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