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揭秘免疫浸润分析的神器:TCIA为什么成为全球100万用户选择?

2023-07-26 11:10 作者:小云爱生信  | 我要投稿

尔云间  一个专门做科研的团队

原创 小果 生信果

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今天小果要带大家再认识一个好用的癌症数据分析公共数据库平台:TCIA,那就和小果一起学起来吧!


什么是TCGA?

TCIA(The Cancer Imaging Archive)是一个公共数据库,旨在为研究人员提供医学影像数据以及相关的临床数据。该数据库的数据来源于国家癌症研究所(NCI)的多个项目,包括美国国立卫生研究院(NIH)的临床中心和研究机构。接下来小果将带大家简单地学习TCIA数据库网站的具体使用方法:


访问TCIA官网

访问TCIA官方网站(https://tcia.at/home)后,我们可以注册账户并登录,成为正式用户后我们可以使用个人账户搜索、下载和分享数据哦。


访问

在网站的主页上,可以选择不同的数据集进行浏览和搜索。数据集包括各种类型的医学影像数据,如CT、MRI、PET等。我们也可以在网站上浏览TCIA的各种癌症数据集,如Lung(肺癌),Breast(乳腺癌)等。

红框中构勾选的就是网站提供的癌症分析数据,同学们可以选择自己感兴趣的癌症分析数据自行查看哦!。



查看数据详细信息

在数据集页面上,我们可以查看该数据集的详细信息,并下载相应的数据。部分数据集还提供了附加的临床数据,例如患者的基本信息、治疗记录等。

    

1.查看乳腺癌患者数据:

 


 

  2.查看单个患者的详细数据:

 

 

数据可视化分析

同时,我们还可以使用TCIA提供的工具进行数据的可视化和分析哦。网站提供了多种分析工具,如DICOM影像查看器、图像分割工具等。这些工具可以帮助用户对医学影像数据进行可视化和处理,以便更好地理解和分析数据哦!

总之,TCIA是一个非常有用的医学影像数据库,可以为研究人员提供丰富的数据资源,并帮助他们进行医学影像数据的可视化、处理和分析。

   接下来小果带大家看一个数据可视化的实例吧!:


1.选择基因表达模块:

2.选择所有免疫细胞:


3.查看基因表达箱线图:

 

4.查看基因表达热图:

 

总之,TCIA是一个非常有用的医学影像数据库,可以为研究人员提供丰富的数据资源,并帮助他们进行医学影像数据的可视化、处理和分析。怎么样,这个数据库平台你学会了吗?

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