基因组规模代谢模型（GSMM）中流平衡分析（FBA)运算
因为前期走了挺多弯路的，在构建这块，没有变成这些基础，整个安装起来就有点困难，所以就分享以下我从安装到导入模型的一个过程，运算我是按照文献中的例子进行的，如果有不专业的地方，请毫不留情的告诉我。
前言：FBA是用于基因组规模代谢模型的一种算法，能够预测计算模拟环境下微生物的生长速率、代谢等。FBA是通过COBRAToolbox，基于MATLAB实现的，通过参考文献方法，本文对前期准备工作进行描述。
需要工具：MATLAB2018b；git-bash；Gurobi 9.0.3；CobraToolbox 3.0；WIN 11
参考文献：
[1] Heirendt L , Arreckx S , Pfau T , et al. Creation and analysis of biochemical constraint-based models: the COBRA Toolbox v3.0[J]. Nature Protocol, 2017, 14(3).
[2] Orth J D, Thiele I, Palsson B Ø. What is flux balance analysis?[J]. Nature biotechnology, 2010, 28(3): 245-248.
官方教程：https://opencobra.github.io/cobratoolbox/stable/installation.html#git
步骤流程：
1. MATLAB采用的是2018b，教程：https://zhuanlan.zhihu.com/p/378349402
2. 下载git-bash（这是由于Cobratoolbox是源代码，直接下载只能够下载当前分支，因此需要用git进行克隆，能够对历史信息进行存储，这样代码比较完整）
下载地址：https://git-scm.com/download/win
注意：安装过程有选项分支，请按照官方教程中的选择（图1）
安装完成后，键盘WIN+R，输入cmd，随后输入‘ git --version ’，出现版本号表示安装正确（如下图）。
2. 下载Cobratoolbox 3.0，下载地址：https://github.com/opencobra/cobratoolbox
如果github打不开，解决方法：https://baijiahao.baidu.com/s?id=1747187797461817499&wfr=spider&for=pc
下载后解压得到cobratoolbox-master文件夹（最好是把相关文件放在一个文件夹里，最好英文命名，并且以后都不改了）
3. 选择Cobratoolbox所在的位置，右键创建GIT-BASH HERE，随后在命令框输入‘ git clone --depth=1 https://github.com/opencobra/cobratoolbox.git cobratoolbox ’，回车运行克隆（如下图），这个耗时会很久，但可以通过压缩的方式进行解决；
解决方法：https://blog.csdn.net/jacke121/article/details/113621811?spm=1001.2101.3001.6650.2&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7ERate-2-113621811-blog-123184844.pc_relevant_landingrelevant&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7ERate-2-113621811-blog-123184844.pc_relevant_landingrelevant&utm_relevant_index=5
4. 在matlba中运行FBA，需要Cobratoolbox和求解器（这里用的是Gurobi，还可以用cplex等，官方教程中也有说明，下载的时候注意版本要和MATLAB对应的上，前面安装的是2018b对应的Gurobi版本9.0.3），这一步下载Gurobi求解器。虽然Gurobi需要收费，但学生信息可以免费使用1年，需要使用邮箱申请（采用的是校园邮箱）；其次gurobi需要在MATLAB中进一步的安装。
下载地址：https://www.gurobi.com/
许可申请：http://www.gurobi.cn/NewsView1.Asp?id=4
MATLAB中安装教程：https://mp.weixin.qq.com/s/3v4iWwZX1csT8S4QEZKVxQ
5. 在matlab中运行Cobratollbox。在前期工作的基础上，进入matlab，在命令行窗口中输入‘testAll’对所有的工具进行测试能够运行（时间很长）。
6. 输入“ intiCobratoolbox ”进行工具箱载入，每次操作都需要输入（如下图）。
7. 下载已有模型，地址：http://bigg.ucsd.edu/；需要是xml文件！这里用的是参考文献2中，补充例子用到的“e_coli_core.xml”
8. 导入模型，输入“model = readCbModel('e_coli_core.xml')”，模型即导入。这里需要注意，matlab所运行的文件夹与需要当前文件夹（放有模型的文件夹）一致，否则会出现找不到模型地址的情况！
PS：双击工作区的model可以出现详细信息，mets代表代谢物，rxns代表反应等，文献2中有详细标注。例子中的符号和model中的有些差异，注意根据实际model中的名字进行运算；退出软件后重新计算都需要输入‘intiCobraToolbox’初始化。
然后就可以按照文献的实例学习了
