kegg报错?No gene can be mapped,如何解决?
kegg数据库更新了,导致用原来的Y叔脚本做KEGG富集分析报错
报错信息如下:
--> No gene can be mapped....
--> Expected input gene ID:
--> return NULL…
经过查询,发现是因为KEGG数据库的API更新了,详见:https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html
经过Y叔连夜修改,clusterProfiler等相关分析包已经修改了
大家可以自己到bioconductor看下最新的安装命令,把包更新下,或者重新安装。
以下是安装方式
1.本地安装,把相应的包下载在本地,通过本地安装的方式安装
install.packages('~/biof/clusterProfiler_4.6.1.tgz',repos = NULL, type="source")
install.packages('~/biof/DOSE_3.24.2.tgz',repos = NULL,type = 'source')
install.packages('~/biof/GOSemSim_2.24.0.tgz',repos = NULL,type = 'source')
install.packages('~/biof/HDO.db_0.99.1.tar.gz',repos = NULL,type = 'source')
2.在线安装
devtools::install_github("YuLab-SMU/DOSE")
devtools::install_github("YuLab-SMU/HDO.db")
devtools::install_github('YuLab-SMU/clusterProfiler')
因为这些包环环相扣,互相依赖,最好包都更新。
如果出现以下提示,请输入1,让他全部更新
Enter one or more numbers, or an empty line to skip updates: