低拷贝质粒(pBAC)的提取步骤
200ml菌液一般能提15-20ug质粒。以200ml菌液为例提取低拷贝BAC质粒。(500ml离心管,50ml离心管,普通质粒大提试剂盒Omega,4℃大离心机>15000g/min)
1. 集菌:200ml LB培养基37℃过夜摇菌,6000g/10min集菌(500ml离心管),弃上清。
2. 重悬:用9ml solution I(+RNase)重悬沉淀(无颗粒即可),放2min。(沉淀过多,则可适当加点solution I,后面II/III按比例添加即可,可都在50ml离心管中进行)。
3. 加入9ml solution II,颠倒混匀,静置1-3min,变透亮。
4. 加入12ml solution III,颠倒混匀,静置1-3min。
5. 12000-15000g/30min,取上清至50ml离心管(有残留物则重复离心一次)。
6. 上清加入0.7倍体积异丙醇(即若上清30ml, 则加入21ml异丙醇)充分混匀,可见溶液明显变白色.10000-15000g/30min(大离心机)。轻轻将上清倾倒掉,可用纸巾将管壁异丙醇擦净(避免擦掉DNA沉淀)。
7. 加入500ul Elution Buffer溶解DNA沉淀。
8. 将上述500ul DNA小提去内毒素即可(见以下步骤)
(1)500ul分两管,各加250ul Solution I(+RNase),使用移液器吹打完全混匀,将重悬的液体转移至1.5mlEP管中
(2)各加250ul Solution II,轻柔上下颠倒混匀数次直至液体澄清,静置孵育2-3min
(3)各加125ul N3(预冷),轻柔上下颠倒混匀数次直至出现絮状白色沉淀(若加入N3则按小提去内毒素方法即可用于质粒转染;若按普通提质粒法,则建议用氯仿、异丙醇/乙醇纯化)
(4)13000r常温离心10min以上,可见管底有白色沉淀(可能需要两次)
(5)将上清转移至新的1.5mlEP管,估算上清体积
(6)加入0.1倍体积的ETR buffer,上下颠倒10次充分混匀
(7)冰上孵育10min,期间颠倒混匀数次
(8)42°C水浴5min,液体浑浊
(9)25°C 12000r离心3min,ETR在底部分层为蓝色
(10)将上清转移至一个新的2mlEP管中,加入0.5倍体积无水乙醇。轻柔颠倒6-7次,常温静置1-2min
(11)将胶回收柱子放在2ml收集管中,加入700ul第10步的液体到柱子中,12000rpm离心1min,弃掉液体
(12)重复11
(13)加入500ul HBC Buffer(HBC Buffer使用前用异丙醇稀释)
(14)离心,弃掉液体
(15)加入700ul DNA Wash Buffer(DNA Wash Buffer使用前加入无水乙醇)
(16)离心,弃掉液体
(17)重复15-16步骤
(18)离心2min,转移至1.5ml EP管,烘干。
(19)加入80-100ul Elution Buffer,常温静置1min,12000r离心1min获得质粒DNA。