文献锦集|2月单细胞测序高分文献汇总
二月份单细胞测序相关文献共收集到48篇（IF>9），文末列表中列出文献发表期刊、研究方向和技术平台等信息，接下来先看看其中5篇。
文章展示
【标题】皮肤驻留的先天性淋巴样细胞聚集形成一种致病性效应子状态
【平台】10X
【期刊】Nature（IF=43.1）
【时间】2021-02-03
【摘要】组织驻留的淋巴细胞(ILCs)能够维持屏障功能并对局部信号作出反应。ILCs通常根据其特异性转录因子和细胞因子的表达分为ILC1、ILC2或ILC3。在皮肤中，IL-23相关细胞因子白介素（IL）-17和IL-22对IL-23信号的疾病特异性产生会导致牛皮癣的皮肤炎症。然而，尚不清楚此响应是由已确定的ILC启动的，还是由细胞状态转换启动的。研究人员发现由IL-23或咪喹莫特在小鼠中引起的牛皮癣会重置一系列的皮肤ILC，并逐渐成为致病性ILC3样状态。在没有循环ILC的情况下，驻留在组织中的ILC是推动病理发生的必要且充分条件。皮肤ILC的单细胞RNA测序(scRNA-seq)图谱在牛皮癣炎症过程中形成了一个密集的转录连续体-即使在稳态-反映了流体ILC状态，包括初始或静止状态和ILC2效应状态。在疾病诱导后，连续体迅速转移到一个混合的、类似ILC3的亚群，该亚群也表达ILC2s特有的细胞因子，研究人员推测这是通过多个轨迹产生的，通过体外实验、转座酶可及染色质的单细胞测序(scATAC-seq)和体内命运图谱，证实了静态样状态和ILC2态的转换潜力。这些结果突出了皮肤ILC反应的范围和灵活性，表明在健康组织中引发的免疫活性可以动态地适应炎症，如果不加以控制，就会推动病理重塑。
【标题】多癌种内肿瘤浸润髓系细胞的单细胞转录图谱
【平台】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【时间】2021-02-04
【摘要】肿瘤浸润性髓样细胞（TIMs）是肿瘤进展中的关键调节因子，但是在不同肿瘤中其基本特性的相似性和区别仍然难以捉摸。该研究通过对来自210位患者的15种人类癌症类型的单个髓样细胞进行分析，确定了不同癌症类型的TIMs的独特特征。鼻咽癌中的肥大细胞与更好的预后相关，并且表现出具有高比例的TNF + / VEGFA +细胞的抗肿瘤表型。cDC1和cDC2衍生的LAMP3 + cDCs的系统比较揭示了它们在转录因子和外部刺激方面的差异。此外，促血管生成的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）具有跨不同癌症类型的多种标记物，并且TIMs的组成似乎与体细胞突变和基因表达的某些特征有关。该研究结果提供了高度异质性TIMs的系统视图，并为合理，有针对性的免疫疗法提出了未来的途径。
【标题】早期复发性肝癌中生态系统的单细胞图谱
【平台】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【时间】2021-02-16
【摘要】肝细胞癌(HCC)复发率高，5年生存率低。复发性肝癌的单细胞图谱可能有助于设计有效的抗癌疗法，包括免疫疗法。研究人员分析了18例原发性或早期复发肝癌患者的17,000个细胞的转录组。与原发肿瘤相比，在两个独立的队列中，早期复发肿瘤的调节性T细胞水平降低，树突状细胞(DC)增加，浸润的CD8+T细胞增加。值得注意的是，复发肿瘤中CD8+T细胞过表达KLRB1(CD161)，并表现出天然的低细胞毒性状态，克隆性低，与原发性肝癌中观察到的的经典耗竭状态不同。这些细胞的富集与较差的预后有关。差异基因表达和相互作用分析揭示了复发肿瘤细胞中潜在的免疫逃避机制，这些机制抑制了DC抗原提呈，并招募了先天类CD8+T细胞。该研究对HCC生态系统的全面描述提供了对与肿瘤复发相关的免疫逃避机制的更深入的了解。
【标题】胆管细胞类器官可以在人肝移植后修复胆管
【平台】10X
【期刊】Science（IF=41.037）
【时间】2021-02-19
【摘要】类器官培养技术在再生医学方面具有广阔的前景，但尚未应用于人类。研究人员在胆管病的情况下使用胆管细胞类器官来解决这一挑战，这是肝移植的一个关键原因。利用单细胞RNA测序，研究人员发现原代人胆管细胞表现出在器官培养中丢失的转录多样性。然而，胆管细胞类器官仍然是可塑性的，当被移植回胆道树时，它们会恢复体内的特征。然后，研究人员利用体外常温灌注的人肝细胞植入模型来证明，这一特性允许肝外有机体修复移植后的人肝内导管。该研究结果为胆管细胞有机体可用于修复人胆管上皮提供了理论依据。
【标题】单细胞测序鉴定复发性多发性骨髓瘤耐药途径和治疗靶点
【平台】MARS-seq
【期刊】Nature Medicine（IF=30.64）
【时间】2021-02-22
【摘要】多发性骨髓瘤（MM）是一种以恶性浆细胞克隆性增殖为特征的浆细胞肿瘤性疾病。尽管进行了广泛的研究，但对耐药性患者内部和之间的疾病异质性的表征却很少。在本研究中，研究人员进行了一项前瞻性，多中心，单向临床试验（NCT04065789），并结合纵向单细胞RNA测序（scRNA-seq）来研究MM耐药机制的分子动力学。对接受含硼替佐米诱导方案治疗后无反应或经历早期复发新确诊MM患者的研究来评估达雷木单抗、卡非佐米、来那度胺和地塞米松联合治疗的安全性和有效性。主要临床终点是安全性和耐受性。次要终点包括总体缓解率、无进展生存期和总体生存期。治疗安全且耐受良好，获得了有效而持久的疗效。在预先进行的探索性分析中，对41例原发性难治性和早期复发患者与11例健康受试者和15例新诊断的MM患者进行了比较，发现了新的MM耐药分子途径，包括耐缺氧，蛋白折叠和线粒体呼吸，其适用于更广泛的临床人群（CoMMpass）。研究发现蛋白质折叠反应途径的核心酶肽基脯氨酰异构酶A（PPIA）是耐药性MM的潜在治疗新靶标。利用CRISPR– Cas9敲除PPIA或用小分子抑制剂（环孢菌素）抑制PPIA可显著增强MM肿瘤细胞对蛋白酶体抑制剂的敏感性。该研究确定了在临床试验中整合scRNA-seq的路线图，确定了高耐药MM患者的特征，并发现PPIA是这类肿瘤的有效治疗靶点。
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