此前小编写过一篇关于网络共现性分析的推文，最终展示效果是通过igraph包实现的，具体细节大家可以翻阅此前推文进行获取，今天这期内容主要给大家展示如何基于Hmisc包和igraph包构建网络图并最终基于软件Gephi进行网络共现性分析结果的展示。

设置工作环境加载所需R包

最主要还是基于Hmisc包和igraph包，安装方法大家自行百度哈！

构建绘图数据

1、加载数据——这里以高通量测序获得的OTU绝对分度表数据为例

2、处理数据——主要是过滤数据中检测率过低的数据值，这里我们过滤检测率低于20%的数据：

3、获取符合要求的相关性系数：

4、创建网络并加入相关信息——包括OTU丰度信息、物种信息、标签等，可根据个人需求进行设置

5、数据保存——主要是保存为"graphml"、"gml"两种格式，方便导入Gephi中使用：

可视化

      你这里我们主要是使用Gephi软件（大家自行百度下载及安装方法哈）进行可视化，具体操作如下：

1、打开Gephi软件并导入保存的数据：

2、在概览中左栏选择"Fruchterman Reingold"布局并点击运行：

3、节点设置——在节点颜色partition选项中可对节点颜色根据文件中的物种信息、丰度信息及模块化信息选择不同着色方式：

4、节点大小——根据丰度或者Degree对其进行设置，具体见下图：

5、图片保存——在预览窗口中点击刷新可查看最终设置效果图，点击左下角如下选项可将图片保存为svg\pdf\png格式。

拓展

      通过如上操作可实现网络共现性的基础分析及可视化，那么，当我们想展示数据中的一些如网络的节点平均度、网络直径、图密度及模块化指数等数据时，或者想比较经过不同处理方式的两组数据的共现性网络数据之间degree的差异性时又该怎么操作呢？跟着小编继续往下走吧！

1、网络图中相应指数的获取——其实主要还是通过软件Gephi可以实现，只要在概览的右栏中找到相应选项点击运行即可，是不是很简单。

2、两组网络图degree数据的提取及差异性比较——这里还是需要借助R语言实现我们的需求，假如现在有A和B两组数据：

1）构建A组的网络图数据并通过gephi进行可视化：

2）提取A组数据的degree数据：

3）构建B组的网络图数据并通过gephi进行可视化：

4）提取B组数据的degree数据：

5）绘图并展示两组间的差异：

可在微信公众号后台回复"共现性分析"获取相应代码及数据！