尔云间生信代码│怎样利用R"survival"package做生存分析

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1.安装R Package: survival(蓝色字体为代码)  install.packages("survival")

2.加载library (survival)

该包可以包含以下几个函数：

Create a survival subject: Surv

Kaplan Meier Estimator: survfit

Mantel-Haenzel Test: survdiff

Cox Model: coxph

3.以包自带数据PBC数据为例

data(pbc,package="survival")

surdays<-with (pbc, Surv(pbc$time, pbc$status==2))

Ps.+代表截尾数据

survfit(Surv(pbc$time, pbc$status==2)~1)

plot(survfit(Surv(pbc$time, pbc$status==2)~1))

diff<-survdiff(Surv(pbc$time,pbc$status==2)~pbc$trt)

pvalue<-1-pchisq(diff$chisq,length(diff$n)-1)

fit<-survfit(Surv(pbc$time,pbc$status==2)~pbc$trt)

plot(fit,col=c("green","red"),xlab ='Time(days)',ylab='Overall survival'