不同种类的PCR探针如何工作-分子信标探针

分子信标探针的设计使寡核苷酸具有互补序列，从而形成茎环。 随着淬灭剂和报告分子结合到寡核苷酸的每一端，以及引物环化，淬灭剂和报告分子处于近距离。

与水解探针一样，分子信标探针包含相同的元素。 它有一个寡核苷酸（寡核苷酸）、一个荧光报告基因和一个淬灭剂。

图 1. 分子信标探针由互补寡核苷酸、荧光报告基因和猝灭剂组成。 然而，结构的不同之处在于寡核苷酸形成茎环，使报告基因和猝灭剂靠得更近。

分子信标探针如何工作？

在 qPCR 中，引物的环部分与目标序列的 15-30 个核苷酸部分杂交。

当环与目标序列结合时，它会导致茎变性。 茎变性后，报告基因和猝灭剂分离，游离荧光报告基因发出荧光。

与水解探针不同，荧光报告基因与猝灭剂分离，但不会被聚合酶去除。 因此，使用缺乏 5' 核酸外切酶活性的 DNA 聚合酶。

图 2. 显示分子信标探针的工作原理。 一旦探针与互补序列结合，茎就会变性，导致报告基因和淬灭剂相距太远，淬灭剂无法发挥作用。 结果，报告基因发出荧光。

分子信标探针的一些优点是高特异性和多路复用能力（在同一次运行中识别多个目标序列）。

一个显着的缺点涉及设计探针的复杂性。 例如，寡核苷酸序列（形成茎）必须足够强以避免报告基因和淬灭剂分离导致假荧光。