【生信小工具】零代码分析免疫细胞浸润！生信小白必备~/SCI论文/科研/研究生/生信分析

大家好，小云又来更新喽~

生信小云经常给大家分享生信分析的思路，而且在我们做科研的过程中生信分析能用到的地方非常多，可以帮助我们设计课题思路，探索关键基因的潜在生物学功能、预测互作基因和潜在药物、分析免疫细胞浸润等等。

那么也有很多小伙伴想要学习生信，但对于非生信专业出身的人来说，从头学习R语言是比较难的，要花费大量的时间和精力。

因此，有一些零代码的生信分析工具应运而生。为了解决大家的需求，番茄君打算开一个新的板块-“生信小工具”，时不时的给大家介绍一些零代码的分析小工具。

今天小云先分享一种分析免疫浸润的小工具!

1. 为什么要做免疫浸润分析？

在生信高速发展趋势下，免疫浸润分析从一开始的高创新性分析、生信分析高配，到现在已经发展为几乎所有生信文章的标配了。

由于免疫本身与各种疾病都比较相关，所以不管是肿瘤还是非肿瘤疾病都可以做免疫浸润分析。

2. 分析免疫浸润的工具？

生信里常用的免疫浸润的分析方法包括 TIMER, xCell, MCP-counter, CIBERSORT等等。其中xCell是基于 ssGSEA 的方法，可根据 64 种免疫细胞和基质细胞类型的基因表达数据进行细胞类型富集分析。

今天小云就给大家分享一下分析免疫细胞相对含量和可视化的小工具!用到了零代码生信分析在线工具（网址：http://www.biocloudservice.com/home.html ）中的“计算64种免疫细胞相对含量和可视化”模块。

3. 分析原理？

通过基于组织样本的基因表达谱，结合 R 语言中的 xCell 包，估算出各个组织样本的 64 中免疫细胞富集分数，以此来代表组织中免疫细胞的相对含量，通过结合不同样本表型，即可知道不同表型下是否存在组织免疫细胞浸润差异。

用户只需要输入基因表达矩阵、样本的表型信息以及 64 种细胞所属的细胞亚群，软件将自行计算出各个样本组织中的不同免疫细胞的相对含量，同时结合样本分组绘制不同组别下免疫细胞浸润含量的表达分布小提琴图和热图。

4. 具体操作步骤

（1）进入小工具页面后，可以使用说明、常见问题、输入数据模板等选项，点击页面中的”上传数据”。

（2）提示上传数据需要“文件名和格式要和示例数据一致”，可以根据”输入数据模板”整理数据，并上传。

（3）数据整理：点击”输入数据模板”进入以下页面，可以看到给出的模板，点击文件可以在线预览和下载。

样本表型文件（两列，第一列为样本名称，样本顺序必须和基因表达矩阵的样本一致，第二列为对应的表型分组信息，并且表头命名为“group”）

（4）制作好数据后，点击“上传文件”，注意要按照示例数据，3个文件都要上传。如图显示上传成功。

点击页面最下方的“返回程序主页面”。

点击”运行自有数据”，即可跳转到结果展示页面。

结果共输出 6 个表格 csv 格式文件和6 个 pdf 格式的图片文件，可以在线预览，也可以直接下载全部结果。

5. 结果展示和解读

（1）Heatmap.pdf

该图表示各个免疫细胞在各个样本中的相对浸润丰度热图，最上边不同颜色横条表示不同表型的样本，最左边不同颜色表示不同细胞亚群，图中的颜色从绿到黄红表示细胞含量从低到高。

（2）Epithelial_Xcell_score.pdf

该图表示 Epithelial 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图，不同颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value 值。

（3）HSC_Xcell_score.pdf

该图表示 HSC 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图，不同颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value 值。

（4）Lymphoid_Xcell_score.pdf

该图表示 Lymphoid 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图，不同颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value 值。

（5）Myeloid_Xcell_score.pdf

该图表示 Myeloid 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图，不同颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value 值。

（6）Stroma_Xcell_score.pdf

该图表示 Stroma 细胞亚群中各个免疫细胞在各组表型样本中的相对含量小提琴图，不同颜色表示不同的样本表型，该图添加了显著性 p.value 值。

（7）Epithelial_sig_cell.csv/Lymphoid_sig_cell.csv/Stroma_sig_cell.csv/ HSC_sig_cell.csv/ Myeloid_sig_cell.csv

六个表格文件，分别表示 6 个细胞亚群中的各个细胞在两种表型中的含量经过显著性检验后的 p.value 值。

（8）xCell_score.csv

展示64 种免疫细胞在各个样本中的相对含量。

总结

这个分析免疫浸润的小工具设置参数少，运行速度块，用户只需要输入基因表达矩阵、样本的表型信息以及 64 种细胞所属的细胞亚群，软件将自行计算出各个样本组织中的不同免疫细胞的相对含量，同时结合样本分组绘制不同组别下免疫细胞浸润含量的表达分布小提琴图和热图。感兴趣的小伙伴赶紧动手用起来吧！