不做实验也能看到的显微图像,HPA数据库
尔云间 一个专门做科研的团队
小伙伴们都知道显微图像是文章中的重要图片,这个图片可以为文章增色不少,但是对于小果这种只做生信分析,不做怎么做实验的来说,显微图片是有点难得的,所以就需要有个数据库来根据我们得出的基因来找到对应的显微图片。
HPA数据库(Human Protein Atlas)是基于蛋白组学,转录组学以及系统生物学数据,可以绘制组织、细胞、器官等图谱。不仅收录了肿瘤组织,也涵盖了正常组织的蛋白表达情况,而且还可以查阅肿瘤患者的生存曲线。
网址:https://www.proteinatlas.org

搜索基因名,小果这里用的是RPSA

上图展示的就是搜索结果
我们选择tissue这一栏的图片,点击后画面如下

往下拉动网页,看到柱状图

这里可以选择自己想要研究的组织,小果想要研究肺,那就点击Lung

然后就能看到显微图片了,点进去可以看到详细信息

这里是正常的组织,如果想要看基因在癌症组织里的显微图像,那就接着往下看
选择pathology

往下拉可以看到五种癌症中基因表达的显微图像

这里小果是想看肺癌和正常肺组织中基因表达图像的差异,所以选择肺癌,点进去就可以了

这就是基因在肺癌里的蛋白显微图像了
好了,小伙伴们是不是觉得很简单呢,那就赶紧选一个自己感兴趣的基因去搜索一下吧,小伙伴们有什么问题欢迎来和小果分享讨论啊。