开机：

按标记好的数字顺序开机即可，不做活细胞则活细胞想干的两个不用开，最后将钥匙从0拧到1，待指示灯熄灭后再打开开电脑，打开ZEN软件，等待硬件初始化完成。
注意：汞灯开关之间的间隔要求至少为30分钟，开了30分钟内不要关，关了30分钟内不要开，如果不在目镜下看荧光的话不用开汞灯。关机按相反顺序即可。

换物镜：

在初始界面点击 Microscope，然后点击不同倍数即可切换不同倍数的物镜；

移动载物台：

显微镜右手边的方向控制器可以移动载物台的位置进行样品不同位置的观察，点击控制器右上的F1按钮可以切换移动速度；
Load position功能为将物镜移动下去一些，防止上样时碰触到物镜，点三角形加横杠恢复正常位置；
载物夹子的放置应红点对红点，更换不同夹子时压住弹片轻轻取起；

上样：

盖玻片朝下，注意不要将玻片卡紧在载物台上，否则物镜在调焦时顶起碰触到玻片后可能损伤物镜。

软件操作：

Locate 在目镜下观察
BF brightfilm 明场 即白光
点BF右边的DAPI的快捷键即可看DAPI
DAPI 蓝光
GFP 绿光
Rhod 红光
目镜下主要是调焦，可用DAPI来调

Acquisition 在电脑上观察
设置 Smart Setup；
选取要观察的荧光类型-双击；
如 DAPI 465nm 蓝光
Alexa Fluor 488 517nm 绿光
Alexa Fluor 555 568nm 红光
三种模式一般选Best Signal
点击OK

Acquisition parameter Channels中显示已经选择的荧光通道
点击通道1进行调节
lasers 激光
1.0% 代表激光强度
Master Gain 代表电压
若信号不够强可以增加激光强度和电压
电压一般不超过800，若调节到800信号仍不够强则通过激光强度来调节
电压过高会导致噪音较多

Range Indicator 指示过曝
通过Range Indicator指示过曝情况，以只有一点红色过曝区域为佳；
一个通道调节好后单击另一个通道进行调节；
实在信号弱的时候还可以将Digital Gain调高；
Channels设置好后点stop

Acquisition Mode 设置拍照参数
Frame Size 分辨率 1024X1024 Scan Speed 扫描速度 一般6或7 Averaging Number 2 Method Mean 拍两张取平均值，越大越清晰
设置好后点Snap即可开始拍照

图片处理
若只要两个通道的图像在channels下把不要的通道的勾去掉即可
图片左侧选项
2D 显示叠加图
Split 各通道分开的图
注意保存为czi的格式
加标尺 图片下方Graphics里面，双击或右键，可以更改标尺的格式、颜色等信息

导出图片
Processing
Method-Image Export
Parameters
格式 tiff
Bum-in Graphics要勾上，不然图片没有标尺
Export to 设置导出路径
Input选取要导出的图片
Apply导出
Gallery页面点create可生成合为一张的图片，然后按上面方法导出

reuse工具
使用之前参数的方法，读取之前保存的一张czi格式的图片，点击图片下方的reuse即可恢复到拍摄该张图片时的参数，所以拍摄好一张后应先保存为czi格式，防止软件卡死所有都要重调。

Crop工具
该工具可选择一个局部区域进行重新拍照，注意重新拍照前点击snap上方的new按钮新建一个标签页，否则拍照后会将之前的照片覆盖掉。

Z-Stack 拍摄立体3D图像
设置好参数（最好找一个最佳的焦面去设置参数）；
勾选左侧z-stack；
中间一栏下面会出现一个z-stack的菜单；
默认使用First/Last模式；
点击Live-调焦，分别点击set last和set first；
点击Optimal设置最佳间距；
点击Start Experiment（snap下方）开始拍摄；
点击3D选项可以查看三维图像；
在合适的角度点击create image可以生成图片；
在Display的Series栏可以生成动画，设置好参数后点击apply，在player栏可预览该动画；
可使用processing中的movie export工具导出为视频文件。

虚线框工具（在Graphics中）
点击虚线框工具，选中一部分区域，右键，点击create subset，可以只看局部一块区域

Airyscan拍摄
类似普通拍摄
选择荧光通道
模式选择airyscan
不需要再进行Acquisition Mode的设置（与普通拍摄的区别之处）
调节每个荧光通道的参数
按住ctrl滚动鼠标滚轮可调焦距

油镜的使用与清理
Airyscan使用标记30的油，非Airyscan使用普通油；
油刷取出来的时候注意在瓶口刷一下刷去多余的油，然后在物镜镜面上刷一滴即可，注意不要多，否则油流到物镜下面的缝里会损坏物镜，所以刷子取出时刷去多余的油十分必要；
清理时使用擦镜纸光滑面喷点酒精进行擦拭2遍，然后再用不喷酒精的擦镜纸擦拭一遍即可。