β多样性之NMDS分析

非度量多维尺度分析(Non-metric multidimensional scaling, NMDS)，是基于相异矩阵或距离矩阵进行排序分析的间接梯度分析方法，在微生物组研究中可以用来展示群落beta多样性。

NMDS结果的评估标准是stress值，表示观察到的距离和拟合的距离的不一致性。Stress也可以理解为样品在降维后形成的空间的距离与其在原始多维空间的距离的差值。这个值越小越好，说明在低维空间更完整地捕获了高维空间的信息。

通常认为stress<0.2时有一定的解释意义；当stress<0.1时，可认为是一个好的排序；当 stress<0.05时，则具有很好的代表性。