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基于R语言如何实现正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)?

2023-04-03 15:40 作者:科研那点事儿  | 我要投稿

       OPLS-DA(Orthogonal Partial Least Squares Discriminant Analysis)是一种多元统计分析方法,常用于区分两个或多个组别的样本,以及识别影响组别分类的变量。在R语言中,可以使用“ropls”包进行OPLS-DA分析。

设置工作环境并加载R包

1、设置工作环境

2、加载R包


加载数据

     这里使用的数据和之前分析PLS-DA分析时用到的数据是类似的,有一个原始数据及分组数据:

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OPLS-DA分析

1、使用opls包中的opls函数进行分析:

注:不指定或orthoI = 0时,执行PLS;orthoI = NA时,执行OPLS

得到初步的图形,具体解释见此前PLS-DA分析文章:

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2、提取作图数据

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基于ggplot2包进行可视化

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提取VIP值并进行可视化

1、提取VIP值

2、将VIP值与原始数据合并

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3、可视化——主要通过棒棒糖图及柱状图进行展示

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参考:

1)https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ropls/inst/doc/ropls-vignette.html#the-ropls-package

2)https://ibook.antpedia.com/x/621025.html

绘图源码和数据可在公众号后台回复"OPLS-DA"获取!!!

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