你一直没学会的科研技能——GO分析和Pathway分析
解螺旋
当通过测序或者生信数据库获取差异基因后,go和pathway分析就是不必可少的步骤。通过GO富集分析可以找到富集差异基因的GO类条目,寻找不同样品的差异基因可能和哪些基因功能的改变有关。Pathway分析可以找到富集差异基因的Pathway条目,寻找不同样品的差异基因可能与哪些细胞通路的改变有关。(文末查看领取方式)
1 、单基因GO和Pathway分析
一般lncRNA下游间接功能机制研究会通过敲减或过表达lncRNA后,再以高通量手段检测下游编码蛋白RNA水平表达变化,设定阈值后则表达差异变化2倍或以上的分子可定为候选分子。
而对候选分子进行分析最常采用的方法是GO分析和Pathway分析。本节课程主要介绍单基因GO和pathway分析常用工具,并手把手传授其使用方法。

GO分析的网站其实有很多,但是主要的网站有NCBI、Ensembl、AmiGo以及GoA。视频中以DUSP6为例,详细演示了各个网站的操作方式,方便学员们即学即会。
AmiGO2的搜索界面及GO分析结果:


GOA的搜索界面以及搜索结果:


至于单基因的Pathway分析,我们有基础的KEGG入门训练营(点击即可报名),课程就不再赘述,而是聚焦Reactome网站,并详细介绍该网站的使用方法。

多基因GO和Pathway分析
当候选分子数量庞大时,单基因GO和pathway分析显得效率不足。此时多基因GO和pathway分析显得尤为重要。
课程仍以DUSP6为例,详细介绍PANTHER、GOC、DAVID和Gorilla这4个生物信息学网站对lncRNA下游信号通路和网络的预测分析。



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