[化学信息]批量转换.sdf文件为smiles到结构化数据表格的python脚本

requirements:

• 安装openbabel-3.1.0 （3.1.1可能报错）

• python3环境

• pip install openbabel 或 conda install openbabel -c conda-forge

1. 导入要匹配的结构化数据

目的是按照列名Filename匹配所有sdf文件转换成smiles写入第四列

2. 一个简单的脚本

python extrat.py for_extrat.csv 调用

3. 补充说明

不用rdkit的原因：会报一些3D分子z方向坐标全为0的警告，一些mol不能被kekulize的错误。