如何生成蛋白和小分子相互作用图片的几种方法

菜鸟博士Caesar

waters 液相 masslynx unif教学，可叨

在线网站

PLIP: https://projects.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index

导入复合物

复制表格

下载口袋，下载图片

2D相互作用：

Protein-Ligand Interaction Profiler

https://proteins.plus/

posview查看相互作用

点击ligiand

其他功能：预测活性口袋的位点

DoGSiteScorer Binding site detection

DoGSiteScorer Binding site detectionproteins.plus/2orh709wcomplexpdb093e447b-e50b-4fd7-8094-e4ddc1fa8df4#collapseTwo

后期pymol的处理：

鼠标中键可以切换为selecting residues

重命名残基rename selection>

label<residues 显示残基名称

更改残基名称和颜色

Color>选择喜欢的颜色（红red）

显示氢键等的label距离

其他可视化方法：

20220629

导入复合物或者以此导入蛋白和小分子

右下角显示S，氨基酸序列

调为 selecting molecules

选中ligand 右键action>around>residues within 4A的残基 并rename为配体ligand

rename>site show line模式

label-residue 小菜单栏左键变为edict模式，拖动氨基酸残基名称到合适位置

这一步一定要分离出配体

action>find >polar contact>to any atom; show>label显示氢键键长

也可以找到氢键后，显示蛋白质的键为sticks，通过选择氢键连接的残基进行

setting里可以修改label

图片输出：

修改背景

修改蛋白质条带的透明度

ray渲染或者draw fast出图 命令ray 1000 or 1200出图

发布于 2022-06-29 21:18