可视化绘图软件Multi-omics Visual之热图绘制

在组学类的文章中，热图展示是其中必不可少的一张环节。它能够直观的展示所测样品所选定量指标的趋势变化。然而，就这么一个简单的绘图，目前市面上仅有少量的本地可交互的，拥有大量可调参数的工具（在线付费工具除外）进行展示。因此，本推文为了解决用户这一痛点，开发了一个热图绘制功能，通过点击实现精美热图绘制。那么开门见山，下面直接介绍如何进行绘制吧。

一 热图绘制1、安装好我们的软件之后，首先第0步需要做就是打开软件界面。

随后，将我们的示例文件拖入到软件的‘input file’文本框中。注意，我们这里也提供了excel加载选项，所以也可以直接加载excel文件。加载方法详见之前的推文《可视化绘图软件Multi-omics Visual之韦恩图绘制》。

接着，本软件在绘制图片时，需通过步骤3点击‘Adjustment para(need open when plot)’打开对话框，完成参数配置。注意，因为本软件提供了丰富的可调参数（另一个角度来说就是操作会比较复杂），所以前期学习成本较高。如本示例中，需要将5列的‘end’对话框内的数值设为你的样品数，将第8列‘end’对话框内的数值设为你的测定指标数量。最后，点击‘start’按钮，即可打开韦恩图界面，如图4所示。

Ps：大家应该也注意到，更新的第三版软件已经把调参界面的参数重新做了一次梳理，待后续完善之后会单独出一篇推文进行介绍。

除了上述参数外，本软件也有三列（29,30和31）专门用于热图美化的参数。其中hcolor, lcolor和mcolor分别表示最高值、最低值、平均值所代表的颜色，其余颜色的话则会呈现梯度显示；y_pos用于指定列坐标位置（左或者右），lvaue和hvalue则分别表示最高值和最低值；add line?则表示是否添加辅助线，al-adjv和al-adjh则用于调整列坐标的位置。

图4属于一个标准的图形，图5的话则是通过调整各个参数获得的美化后图形。

二 惯例小结

其实，想要实现一个精美，可以自定义的热图，需要设置的调节的参数是即复杂又多的。所以，本软件在这里就做了取舍，即将选择权完全交给用户。然而，这样带来的是先高后低的学习成本。不过，做软件就像做实验，只有取舍没有完美。

Multi-omics Hammer软件下载地址：

https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

Multi-omics Visual软件下载地址：https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03

PS：因为本软件是用python脚本撰写，调用了部分依赖包，用户首次使用需要安装python以及对应的包，安装之后便可永久使用。

本公众号开发的相关软件，Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件欢迎大家使用。文末是本公众号在其他平台的账户，也欢迎大家关注并多提意见。

简书：WJ的生信小院

公众号：生信小院

博客园：生信小院

最后，也欢迎各位大佬能够在本平台上：1传播和讲解自己发表的论文；2：发表对某一科研领域的看法；3：想要达成的合作或者相应的招聘信息；4：展示自己以寻找博后工作或者博士就读的机会;5:博导提供博后工作或者博士攻读机会，都可以后台给笔者留言。希望本平台在进行生信知识分享的同时，能够成为生信分析者的交流平台，能够实现相应的利益互补和双赢（不一定能实现，但是梦想总得是有的吧）。

另外，怎么说呢，投币也可，不强求，但奢求。