科研代码大全|R可视化：ggstatsplot包—科研界的美图秀秀：差异统计&相关性散点图分析

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文中有代码分享哦~ 

比较几组数据差异的时候，我们可视化的图比较多种多样，比如可以绘制箱线图、散点图或小提琴图等。ggstatsplot包可以将这3种合并在一起进行展示，今天来记录并分享下用ggstatsplot包作图的过程。以下是今天要做的2个图：

（1）差异统计；

（2）相关性散点图分析。

1. 安装r包

安装非常简单，常规安装方法：

方法一：直接install.packages(“ggstatsplot”)

方法二：进入CRAN官网下载r包，然后本地安装。

安装时需注意一点，R版本必须4.0.0及以上

2. 作图示例1: 箱线图+提琴图+散点图

安装成功后，开始进行分析，用ggbetweenstats函数作图，以下为示例数据和作图代码：

示例数据：

代码：

library(ggstatsplot)

## plot

rt=read.table("input.txt",header=T,check.names=F,row.names=1,sep="\t")

pdf("boxplot.pdf",width = 6,height = 5)

ggbetweenstats(

  data = rt,

  x = group,

  y = AFP,

  title = "AFP expression",

  messages = FALSE

)

dev.off()

结果：

3. 作图示例2: 相关性图

示例数据和上述文件一样，用ggscatterstats函数作图，用于分析2个基因之间的相关性，作图代码如下：

代码：

library(ggstatsplot)

pdf("cor.pdf",width = 6,height = 5)

ggscatterstats(

  data = rt,

  x = AFP,

  y = CD24,

  type = "p",

  conf.level = 0.99,

 # marginal=F,

  messages = TRUE

)

dev.off()

结果：

参考教程：

[1] https://indrajeetpatil.github.io/ggstatsplot/index.html

如需示例数据及代码文件，搜索以下链接回原文，评论区留言后领取哦~

https://mp.weixin.qq.com/s/K_jsTIkO-1JE5D52jvFpxQ