常用的代谢组学数据格式转换工具

2021-09-22 10:50 作者:菜鸟博士_杂货铺 0人读过 | 我要投稿

之前经常听到一些朋友问代谢平台的数据转换工具。这里我列举了几个自己接触过的工具，这个里面的工具以后会慢慢的更新。如果大家有推荐的，可以给我发消息，我慢慢的丰富里面的内容。后面我应该会介绍几个数据处理的平台，时间待定吧！

GNPS_Vendor_Conversion

这是一个打包好的转换工具，适用于 Windows 平台使用者将他们的数据转换成可供 GNPS 平台兼容的数据格式（mzXML, mzML, and mgf）。这个工具使用简单，只需要根据自己电脑的系统来安装一下支持包（32 位或者 64 位），然后再复制数据的输入目录（InputFiles），双击转换，然后就可以在输出文件夹里面得到转换后的数据（Output_Folder）。不需要安装，直接解压后就可以使用。

这个工具在转换 Waters.raw 的数据时可能会报错，具体原因官网上也有解释和解决的方法，这里把方法附在这里。

A tip for Waters users: One of the frequent questions from Waters users is about PDA(UV) and LockSpray data contained in converted files。These occur because Waters .Raw files contain UV and LockSpray data as additional 'channels' of MS detector. Some Waters third party softwares can solve this problem, but for cases you have not purchased licenses for the softwares, here we introduce you a temporary expedient. Every channel data are contained as "_FUNC00X.*" in Water.Raw files, so just delete them and run "Double-Click_To-Convert.bat."
e.g. If LockSprary and UV data are channels 5/6 in your data, put every .Raw files in Input_Files folder, then run cmd, go to Input_Files, and run "del /s _FUNC005." and "del /s _FUNC006."

MSConvert

这个工具在 ProteoWizard 中的一个转换工具，提供了 Windows 平台和 Linux 平台。这些在官方的下载页面有介绍和提供安装方法。这个工具在 Windows 上使用也比较简单：① 选择输入文件位置和输出文件位置；② 选择输出格式和编码精度；③ 添加（add）所需要的功能（Peak Picking）。最后不要忘了点击右下角的开始（Start）

Abf Converter

这个工具是免费的数据预处理软件 MS-DIAL 软件中所需的一个转换工具，该工具要和MS-DIAL 结合起来用。MS-DIAL可以基于转换后的abf格式，进行峰提取、对齐、移除批次效应、代谢物鉴定（免费公共数据库）、PCA 分析、VIP计算等等。关于MS-DIAL的使用，可以参见官方的使用说明（https://mtbinfo-team.github.io/mtbinfo.github.io/MS-DIAL/tutorial）。