「青莲百奥干货分享」够全面,够系统的外泌体数据库助您玩转外泌体
外泌体是一种由细胞释放到细胞外微环境的膜性囊泡,是普遍存在的生物组分,在调节细胞通讯中发挥重要的作用。由于外泌体自身的特点,研究者对外泌体在细胞间信号传递中的作用,对外泌体作为疫苗或药物运送的载体,以及对外泌体作为包括肿瘤等疾病在内的生物标志物的研究越来越重视。因此,全面、系统的外泌体数据库的建立和使用,对外泌体生物学功能机制研究和临床应用研究均具有重要意义。
过去几年里,国自然项目中外泌体的中标项目飙升,成为国自然 “新宠” 。小编今天就为大家介绍几个针对外泌体研究的规模较大的数据库,以便研究者了解并合理选择和使用这些数据资源,更好地开展研究工作。
ExoCarta数据库

ExoCarta数据库是一个关于外泌体蛋白、RNA、脂质体的手工数据库,到目前为止,ExoCarta数据库主要整合了已经发表或尚未发表的文献资料,自从2009年发布以来,该数据库已经被16000多名独立研究人员使用。ExoCarta具有友好的网络查询系统,可以查询多种生物来源的外泌体蛋白、RNA和脂类数据,注释内容包括详细的外泌体组织来源和细胞类型,以及外泌体的分离制备方法。ExoCarta数据库中的蛋白质、RNA数据集可以下载,直接用于功能富集分析和相互作用网络分析。为保持数据库的持续更新,ExoCarta数据库接受研究数据上传。ExoCarta数据库上线以来,访问量增长迅速,已成为研究者广泛使用的外泌体数据库。
Vesiclepedia数据库

Vesiclepedia数据库由Mathivanan实验室建立,是较早的胞外囊泡数据库之一。Vesiclepedia是手工构建的囊括所有类型的EV相关数据的数据库。Vesiclepedia数据也可以直接用于功能富集分析和相互作用网络分析。值得注意的是,Vesiclepedia数据库与ExoCarta数据库部分相通。Vesiclepedia数据库中的分子类型包括蛋白质、mRNA、miRNA和脂类,目前已收录来自于41个物种,1254个独立研究发表的349988个蛋白质、27646个mRNA、10520个miRNA和639个脂类条目。Vesiclepedia数据库是目前最为丰富的胞外囊泡数据库,特别是包含大量微生物和体液来源的数据,为胞外囊泡的研究提供了极大的便利。
EVpedia数据库

EVpedia是包括原核和真核生物胞外囊泡的高通量数据综合数据库,该数据库由Kim等于2012年建立。EVpedia数据库存储2种类型的数据:胞外囊泡相关的出版物和关于囊泡蛋白、mRNA、miRNA、脂类和代谢物的高通量数据集。数据库除了收录外泌体中的分子信息,还有微粒、纳米囊泡、凋亡小体等囊泡信息,并可以根据物种、囊泡、分子和样品类型浏览和检索。EVpedia也提供综合的生物信息学分析工具,可以进行基因本体富集分析、囊泡蛋白和mRNA的网络分析。同时该数据库中还列出EVs研究的相关文献。
exoRBase数据库

exoRBase数据库是人类血液外泌体RNA-seq数据分析的circRNA、LncRNA和mRNA的存储库,还包括已发表文献的实验验证。exoRBase对标准化RNA-seq数据的RNA表达谱进行了整合和可视化,数据涵盖了正常个体和不同疾病患者。exoRBase数据库收集和描述人类血液外泌体中所有长的RNA,目前包含58330个circRNA、15501个LncRNA和18333个mRNA,提供了注释、表达水平和可能的组织来源。exoRBase将帮助研究人员鉴定血液外泌体中的分子标记。
EVmiRNA数据库

EVmiRNA数据库是首个专注于细胞外囊泡miRNA的数据库,收录了近500个样本的miRNA测序信息。EVmiRNA提供三个功能模块:1)miRNA表达谱和不同来源(例如血液、母乳等)的EV的样品信息;2)不同EV中特异性表达的miRNA,有助于生物标志物鉴定;3)miRNA注释,包括EV和TCGA癌症类型中的miRNA表达,miRNA通路调节以及miRNA功能和出版物。EVmiRNA具有用户友好的Web界面,具有强大的浏览和搜索功能,以及数据下载功能。它是第一个专注于EV中miRNA表达谱的数据库,可用于EV生物标志物的发现和EV调控机制的探索。
EV-TRACK数据库

EV-TRACK数据库,记录了EVs相关研究的生物学和方法学参数。它是一种独特的资源,可用于(i)在研究人员之间建立相关实验参数的知情对话;(ii)提高研究EVs的实验的严格性和解释性;以及(iii)记录EVs研究的进展。EV-TRACK数据库旨在通过增加有关EVs生物学和方法学的系统报告,促进EVs研究的标准化,提高实验的严格性,以帮助EVs领域成熟并发挥其全部潜力。
EMBL-EBI QuickGO数据库

EMBL-EBI QuickGO数据库是一款针对人类蛋白GO功能分析的综合注释数据库。Gene Ontology分为分子功能、生物过程和细胞组成三个部分。蛋白质或者基因可以通过ID对应或者序列注释的方法找到与之对应的GO号,而GO号可对应到Term,即功能类别或者细胞定位。
Urinary Exosome Protein Database

Urinary Exosome Protein Database是一个尿液外泌体蛋白数据库,它是基于NHLBI上皮系统生物实验室(ESBL)已发表的蛋白质谱数据建立的数据库,所有数据均来源于健康志愿者的尿液外泌体。该数据库包含使用两种不同的质谱仪(LCQ质量分析器和LTQ质量分析器)鉴定的人尿液外泌体蛋白质。
请小伙伴们自提网址
1.ExoCarta数据库网址:http://exocarta.org/index.html
2.Vesiclepedia数据库网址:http://microvesicles.org/index.html
3.EVpedia数据库网址:http://student4.postech.ac.kr/evpedia2_xe/xe/
4.exoRBase数据库网址:http://www.exoRBase.org
5.EVmiRNA数据库网址:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA
6.EV-TRACK数据库网址:http://www.evtrack.org/
7.EMBL-EBI QuickGO数据库网址:https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/
8.Urinary Exosome Protein Database网址:https://hpcwebapps.cit.nih.gov/ESBL/Database/Exosome/
关于外泌体常用的数据库就介绍到这里了,相信这些数据库会对您的研究起到重要的指引作用,但是想熟练运用这些数据库,还是需要花点精力详细研究一番的,小编在这里祝您后期的研究更加顺利。
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