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关于计算化学代算的一些看法(个人经历)

2023-08-24 20:20 作者:LAIKCF  | 我要投稿

我自己是做过代算的,最近也接过一些代算,也做成过几次的单子,所以结合我自身的经历我想要谈一谈我个人的感受,我自己做的代算主要是和分子动力学模拟或者是量子化学相关的,分子动力学方面之前有人问我做虚筛,还要算MMPBSA结合自由能,算一个还算好说,他的要求是算32个,那也行,那我问他他自己的预算是多少,他和我说800,真的,笑死好吗,我对于提出这样的要求,对于本人我没有什么意见,我只是觉得是否离谱了一点,我要算的蛋白是在400-600个氨基酸长度,要算MMPBSA结合自由能,跑一段轨迹需要多长时间合适,我个人一般认为是九万原子到15万原子到体系,最起码轨迹要300ns向上,那请问800的价格能否满足我自己的算力支持,我只是想说一句做的是代算,不是做慈善好吧,800我可以说基本上是倒贴,你或者会说我可以给你文章挂名,二作或者是三作?我说一句实话,做代算的话,我不知道别人怎么样,我说的俗一点那就是为了钱,不然做来干什么,不要说什么代算是为了普及知识或者说是帮助别人顺利完成课题,我没有这么大的宏图愿景,而且我和你不同领域我为什么要这个挂名,就是单纯的为了文章数量?并不是,以后的文章提交之后遇到了关于计算的审稿问题,又会牵扯到很多问题,如果需要重新计算,那后续的费用又应该怎么说呢,所以我觉得不挂名对自己或者大家都好,我做代算,以后真的有论文上的审稿问题,我可以帮你一起解决问题出在哪,前提是在做计算的过程中不要提一些奇奇怪怪的或者就是一些一看就是基本实现不了的目的条件,当然这里所有的一切都是建立在钱的问题谈拢的情况下(当然这种事情本身就比较复杂)


其次,我说实话真的一点都不想接那种你的导师要求你用计算的方法实现什么什么样的目的,你自己又不懂计算但还是要做计算,原因或者理由是急着赶论文,这样子的单子说实话接不了一点,我之前就遇到过一个导师拼了命催的一个单子,要求要在某月某日提交论文初稿或者是二稿,我真的谢谢🙏,以后别来找我,暂且不说导师和学生两个人都不懂计算,我还做了视频一五一十的将所有的步骤全部写明白也示范过一遍了,他还是不会,这也是为什么最好找代算做的那个人有一点,哪怕一点的linux基础或者是计算基础呢,再者,我还是要说一句,你如果真的连linux都不愿意碰,甚至不愿意去安装一个系统(哪怕是vmware虚拟机也可以啊,虽然虚拟机在生产力这方面是肯定不行的),当然如果你有自己的服务器那也可以,毕竟现在大多数的超算或者是云服务器都是基于linux的,常见的centos,ubuntu,debian,almalinux,rockylinux等等,不要只会一个windows然后就需要我教你如何在windows下面怎么安装编译gromacs,namd,amber,怎么,我不是神人啥都会,我确实编译过windows版本的gromacs,但是我觉得你做代算,做分子动力学了,你都明确要用到这些软件了,你为什么不去安装一个linux然后懂一些基本的命令,最起码知道用一些基本的工具命令去分析去可视化结果吧,有人可能会说做代算吗,一条道服务到底呗,但我真的不知道该怎么说,我只能说我不是你导师也不是你的人肉搜索引擎,一个人,一个会用电脑的人,难道真的连基本的查报错用搜索引擎,找个教程走一下的能力都没有吗,我很不理解。


其次,关于奇奇怪怪的要求,我见的最多的就是,“你看这一篇文献中用到了这个方法,我也想用这个方法可不可以”等诸如的各种问题,之后还会涉及到各种我们这个任务涉及到保密,一些细节或者实验条件和用的溶剂都不方便透露,哦等到我算完了开始了说做出来的数据和实验数据对不上,好,我可以理解,那么我想问你想要用psi4对蛋白质体系做能量分解是几个意思?有些东西想一想,查一查呢??我们都知道gromacs的结果分析文件,可以用grace打开,他不,他一定要你处理成文本文件发给他,我和他说了xvg文件用文本编辑器打开就可以了,里面一样有数据的,都是数据,一摸一样,他不,好好好(),再谈一个例子,之前有人说我想要用smd拉伸动力学探究一下多肽和蛋白质的具体的结合位点和作用关系,我想这会应该是遇到懂一点的了,也不说是行家吧,结果交流了之后他和我说的是他只有蛋白质的结构,相互结合之后的结构也没有,nmr数据也没有,那我想也行,我问那有没有蛋白质结合位点或者变构位点的相关数据呢,回到没有,说是只知道一个SMD,我和他说REUS/US/METAD/GAMDREUS,通通回复不知道也不想了解,解释道我做这个模拟的主要目的就是为了得到位点,我直接??我不理解,也有可能是我水平不够,我真的不理解,咱就是说如果就是靠动力学盲对接的话,能不能就是说直接跑一个cMD得了,你增强采样模拟的目的又是在哪?提高文章的档次???当然类似这样的要求还是不计其数的,我暂时不谈什么机构的代算啊什么的了,反正我了解下来反正不是特别的好吧只能说,当然还是存在很好的机构的吧


暂时先说这么多吧,就当是吐槽了,我也接受批评,我说话的方式可能也不太好,但是真的我很难有什么好脾气,我也要想一想到底还是否继续做代算了...被实验的贬低也得不到什么好脸色做来干嘛...


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