时空日报 | 急性移植物抗宿主病宿主的骨髓生态位如何受损的

大家好，欢迎观看《时空日报》第27期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计9篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

1、鲁索利替尼通过恢复间充质基质细胞功能在急性移植物抗宿主病中改善造血再生

Ruxolitinib improves hematopoietic regeneration by restoring mesenchymal stromal cell function in acute graft-versus-host disease

The Journal of Clinical Investigation; IF: 15.900; DOI: 10.1172/JCI162201

内容概要：使用单倍MHC匹配急性移植物抗宿主病（acute graft-versus-host disease，aGVHD）小鼠模型，并对非造血骨髓细胞进行scRNA-seq分析，发现鲁索利替尼可以通过JAK2/STAT1通路直接恢复间充质基质细胞功能，进而改善aGVHD引起的造血功能障碍。

2、RNA解旋酶DHX15在急性白血病中的独特依赖性

RNA helicase DHX15 exemplifies a unique dependency in acute leukemia

Haematologica; IF: 10.100; DOI: 10.3324/haematol.2022.282066

内容概要：通过系统评估RNA结合蛋白（RNA-binding proteins，RBP），发现RNA解旋酶DHX15是T细胞急性淋巴细胞白血病（T-cell acute lymphoblastic leukemia，T-ALL）的依赖因子，其促进剪接体的解离和环状内含子的释放。此外，该研究提出了DHX15标志物调节剂ciclopirox，并证明其具有显著的抗T-ALL功效。这些发现也提示了一种有前途的治疗方法，即通过靶向剪接体解离来扰乱剪接，可能实现相当的抗肿瘤功效。

3、果蝇发育期间胚胎心脏的单细胞分析

Single-cell profiling of the developing embryonic heart in Drosophila

Development; IF: 6.862; DOI: 10.1242/dev.201936

内容概要：使用scRNA-seq对果蝇胚胎心脏进行分析，发现果蝇胚胎心脏包括心肌细胞和心包细胞，共六种不同的细胞类型。通过独特的标记，定义了每种心脏细胞类型的数量和位置，建立了全面的三维细胞图。这些数据为研究遗传扰动和心脏疾病提供了参考。

4、使用回归混合模型解复用带有寡核苷酸条形码的scRNA-seq数据

demuxmix: Demultiplexing oligonucleotide-barcoded single-cell RNA sequencing data with regression mixture models

Bioinformatics; IF: 5.800; DOI: 10.1093/bioinformatics/btad481

内容概要：介绍了一种基于负二项式回归混合模型的新型scRNA-seq数据解复用方法，称为demuxmix。该方法通过概率分类框架提供了误差概率，可以用于丢弃不确定的液滴并提供HTO数据的质量和解复用过程的成功情况。此外，demuxmix利用RNA库中检测到的基因与HTO计数之间的正相关性来解释HTO数据中的方差，从而改善液滴分配。使用真实和模拟数据评估了demuxmix相对于现有解复用方法的改进性能，并证明了其在混合标记和未标记细胞的实验设计中准确解复用的可行性。

5、ATOH7通过抑制Notch通路对青光眼的光感受器细胞提供神经保护

Atonal homolog 7 (ATOH7) confers neuroprotection for photoreceptor cells in glaucoma via inhibition of the notch pathway

Journal of Neurochemistry；IF: 5.546; DOI: 10.1111/jnc.15905

内容概要：利用scRNA-seq分析人类视网膜组织样本和ATOH7敲除小鼠视网膜组织样本的scRNA-seq数据，发现ATOH7是与青光眼相关的关键基因。在小鼠视网膜光感受器细胞（photoreceptor cells，PRCs）中，ATOH7通过抑制Notch信号通路，促进PRCs分化并抑制其凋亡，从而在青光眼中为PRCs提供神经保护作用。

6、高通量scRNA-seq实现对完整组织中单细胞的时空测序

High throughput isolation of RNA from single-cells within an intact tissue for spatial and temporal sequencing a reality

PloS One; IF: 3.700; DOI: 10.1371/journal.pone.0289279

内容概要：开发了一种革命性的方法，利用全自动纳米管技术结合磁性纳米颗粒，从完整组织中获取单个细胞的高质量测序数据，从而消除了手动操作和单个细胞分离的需要。该技术可以多次采样组织中的单个细胞，以获取纵向信息。通过从22个乳腺癌组织切片中的单个细胞吸取1%~5%的亚单细胞RNA含量，实现了scRNA-seq分析。该技术的成功开发将有助于更好地理解异质细胞群体中的生物学变异。

7、通过scRNA-seq和RNA-seq数据集的综合分析来研究Hedgehog信号通路对胃腺癌肿瘤免疫微环境的影响

The impact of the Hedgehog signal pathway on the tumor immune microenvironment of gastric adenocarcinoma by integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq datasets

Functional and Integrative Genomics; IF: 2.900; DOI: 10.1007/s10142-023-01187-w

内容概要：通过整合scRNA-seq和RNA-seq测序数据，研究Hedgehog信号通路对胃腺癌（stomach adenocarcinoma，STAD）的肿瘤免疫微环境的影响，发现Hedgehog信号通路在STAD中过度激活，GAS1、GLI1和SCEBU2是STAD预后标志物的核心基因，且是导致不良预后的强有力风险因素。

8、性染色体异常的多组学景观：现状与未来方向

The multi-omic landscape of sex chromosome abnormalities: current status and future directions

Endocrine Connections; IF: 2.900; DOI: 10.1530/EC-23-0011

内容概要：综述了性染色体异常（sex chromosome abnormalitie，SCAs）的基因组学研究现状，包括Turner综合征（45，X），Klinefelter综合征（47，XXY），三体X综合征（47，XXX）和双Y综合征（47，XYY）等常见SCAs。此外，讨论了未来的研究方向，如单细胞组学、空间转录组学、系统生物学思维、人工诱导多能干细胞和动物模型等，以及如何将这些数据结合起来填补基因组学和临床表型之间的差距。

9、动物胃窦的跨物种单细胞转录组学分析揭示猪黏膜免疫的强烈反应

Cross-species single-cell transcriptomic analysis of animal gastric antrum reveals intense porcine mucosal immunity

Cell Regeneration; DOI: 10.1186/s13619-023-00171-w

内容概要：通过scRNA-seq比较人、猪、小鼠和大鼠胃窦上皮组织的细胞类型和基因表达，发现猪的胃窦上皮细胞具有更强的免疫功能，可能是由于猪的免疫细胞功能不足所致。此外，还发现了一个新的细胞群，其标志基因是AQP5、F3、CLCA1和RRAD。这些结果为了解胃窦上皮组织的稳态维持和再生提供了资源。

《时空日报》是华大时空基于时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot功能板块，推出的聚焦于时空组学领域学术前沿的栏目。该栏目以实时、精准追踪时空组学前沿为目标，共享最新时空知识，助力生命科学和临床医学发展。