时空日报 | 基于同源比较的棘皮动物细胞类型进化的新解释
大家好，欢迎观看《时空日报》第19期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计5篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、基于同源比较的棘皮动物单细胞和核转录组学的细胞类型多样性和新假设
New hypotheses of cell type diversity and novelty from orthology-driven comparative single cell and nuclei transcriptomics in echinoderms
eLife; IF: 8.713; DOI: 10.7554/eLife.80090
内容概要：使用snRNA-seq技术构建了蝙蝠海星（Patiria miniat）胚胎的基因表达图谱，并通过与紫海胆胚胎的scRNA-seq进行比较，揭示了细胞类型的多样性和新颖性的新假设。此外，该研究还提出了对这些细胞类型演化的新解释和对新型细胞类型定义的反思。
2、用于果蝇研究的连续肌肉、神经胶质、上皮、神经元和血细胞系
Continuous muscle, glial, epithelial, neuronal, and hemocyte cell lines for Drosophila research
eLife; IF: 8.713; DOI: 10.7554/eLife.85814
内容概要：使用激活的Ras表达（RasV12）使果蝇细胞获得增殖和存活优势，从而简化了细胞系的生成。通过转录组分析，发现这些细胞系表达了关键的细胞类型特异性基因，并与单细胞测序和原位分析数据的预期一致。这种技术可以产生具有胶质、上皮、肌肉、神经和血细胞特征的体外细胞模型。
3、支气管肺泡灌洗液中巨噬细胞和CD8 T细胞的相互作用与潜伏性结核感染有关
The interaction of macrophages and CD8 T cells in bronchoalveolar lavage fluid is associated with latent tuberculosis infection
Emerging Microbes and Infections; IF: 8.000; DOI: 10.1080/22221751.2023.2239940
内容概要：使用scRNA-seq技术对患有潜伏性结核分枝杆菌结核感染（mycobacterium tuberculosis，LTBI）或结核病（tuberculosis，TB）患者的支气管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid，BALF）中的免疫细胞进行分析，发现结核分枝杆菌感染显著改变了BALF中的免疫细胞组成，特别是三个巨噬细胞亚群（即单核巨噬细胞-CCL23、MM-FCN1和MM-SPP1），这些细胞与TB感染的疾病状态有关。MM-CCL23群体主要通过CCL20/CCR6募集CD8-CCR6 T细胞，这是LTBI中与保护性免疫相关的一个突出特征。 该研究提高了我们对结核分枝杆菌感染期间肺部免疫景观的理解，这可能有助于未来保护性免疫的疫苗开发。
4、单细胞分析揭示人类颈动脉与股动脉斑块白细胞的相对炎性极化
Single-cell profiling reveals comparatively inflammatory polarization of human carotid versus femoral plaque leukocytes
JCI Insight; IF: 8.000; DOI: 10.1172/jci.insight.171359
内容概要：使用scRNA-seq、流式细胞术和免疫组织化学等方法比较人类颈动脉和股动脉斑块内白细胞的炎症极化情况，揭示了斑块位点特异性细胞极化信号的决定因素。研究发现，与颈动脉斑块相比，人股骨斑块表现出不同的巨噬细胞图谱和CD8+T细胞群的减少。
5、通过单细胞形态计量学、类器官培养和转录组学鉴定肺干细胞亚群
Identifying a lung stem cell subpopulation by combining single-cell morphometrics, organoid culture, and transcriptomics
Stem Cells (Dayton, Ohio); IF: 5.200; DOI: 10.1093/stmcls/sxad044
内容概要：介绍了一种新的单细胞分析方法scMORN，通过结合单细胞形态计量学、类器官培养实验和RNA-seq，揭示了肺上皮干细胞的亚群。scMORN可适用于分析组织干细胞的类器官形成能力和分化潜力，以发现有用的干细胞亚群。
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