「青莲聚焦」蛋白质组学FAQ蛋白产品相关问题（三）

蛋白质组学（英语：proteomics，又译作蛋白质体学），是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。这个概念最早是在1994年，由Marc Wikins首先提出的新名词。

上周二分享了蛋白产品相关问题（二），本周二将分享蛋白产品相关问题（三）~

现在小编将带您进入今日主题

11. mix 样本的设置目的及设置方法

答案：设置内参通道是为了保证校正不同 run 之间信号和仪器状态差异，减小系统误差，从而使得不同run的样本能够一起进行数据分析。mix 样本是用所有需要一起进行数据分析的样本混合物。

12. iTRAQ/TMT为何不能用于差异较大的物种或样本？

答案：这主要是由于iTRAQ/TMT的技术特点所决定的。标记定量的数据分析都是基于共有蛋白进行的，特有蛋白会被过滤掉，无法进行后面数据分析，因此不能用于差异较大的物种或样本

13. 同一批上机的 iTRAQ/TMT 样本，为何不能选取其中部分样本单独来分析？

答案：iTRAQ/TMT 是混样上机的，数据质控是以 run（即开始分的馏分）为单位分析。获得的总蛋白是所有上机样本的共有蛋白。所以没有办法再单独分析。

14. 标记类产品为何差异倍数会偏小？

答案：因为标记类产品（iTRAQ、TMT）本身试剂特点，样本实际的差异倍数会有压缩现象。因此差异倍数一般在 1.2，就可以说明有差异足够明显，而对于非标记类的产品如 label free 、DIA,一般差异倍数要达到 1.5 才能说明问题。

15. 通过 iTRAQ/TMT 实验，是否可以寻找不同样本之间的有无差异蛋白或特有蛋白

答案：不可以，有如下几个原因：

iTRAQ 实验结果使用的是Proteome Discoverer 软件搜库，该软件的算法分析对于极大和极小值均会赋值；

A.对于蛋白的定量，软件采用的是肽段水平合并检测，很难排除其他相似离子干扰；

B.少量无定量值的蛋白可能是没有检测到唯一肽段，或者是报告离子峰太低，并不能说明没有该蛋白。

本周的FAQ就到此结束啦~

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