——搜救工作
由于失事现场位于山区，而且失事当时下雨，导致能见度不高，发现失事飞机的直升机认为没有生还者迹象，而不愿冒险降落检查。而陆路的搜救队伍则因不相信有生还者，所以当晚并没有连夜赶到现场搜救，而是在离现场63公里的村庄过夜。日本的搜救队内部出现种种混乱和延误，最终导致搜救人员到隔天才到达现场。之后读卖新闻的直升机也到达了现场，由于不具备救援条件，同样在悬空一段时间后离开。
据生还者所述，坠机后的数小时间仍有若干乘客生存，但却等不及救援，以致最终只有4人生还（生还者之一的少女即证言，其父亲与妹妹虽然在坠毁后生还，但均因救援迟迟未到在夜间因伤不治）。事后日本搜救工作受到了广泛指责。
在JAL123坠毁初期，驻日美军曾一度参与客机的搜救工作。坠机24分钟后（8月12日19:15），一架美国空军C-130发现了坠机地点，并将其位置回报给日本当局。坠机后2小时时，驻日美军提议空降两名人员到山上，但直升机飞到一半便受到命令，要求他们返回基地。直到坠机14小时后（8月13日09:00），第一批日本救援队才徒步抵达坠机现场。
至今为止，仍不知道谁拒绝了美军的救援请求，日本自卫队无人承认曾下令美军撤离。
这次事故后，吸取教训的日本自卫队购买了用于夜间巡逻和搜救的直升机。然而，他们在之后多次重大灾难前的所作所为仍受到日本民众的诟病。
坠毁时猛烈撞击且发生大火，因此大部份遇难者的遗体残缺不全。时值夏季，遗体腐败得很快。当时仍未有DNA辨认身份技术，因此动员了许多当地医师以及全国的法医和牙医，协助在酷热及尸臭之中辨认罹难者身份。直到该年冬天才完成。
——事故原因
官方说，1978年6月2日，该飞机以JAL115航班在大阪的伊丹机场曾损伤到机尾。
机尾受损后，波音公司没有妥善修补。在替换损伤的压力隔板时，应当使用一整块接合板连接两块需要连接的面板，并在上面使用两排铆钉固定，但维修人员使用了新的接合板，上面只有一排铆钉。这使得接合点附近金属蒙皮所承受的应力明显增加，对金属疲劳的抵抗力下降了70%之多。在维修后几年的飞航过程中，因客舱内部的多次加压和减压，此处的金属疲劳不断累积。依照事后调查人员的计算，这次修补只能耐受10,000次左右的飞行，而事故班次已经是维修后的第12,319次飞行。
飞机爬升至7,000米左右高空时，压力壁面板累积的金属疲劳达到了极限，无法再承受气压差而破裂。机舱内因此发生爆炸减压，高压空气冲进机尾，直接将垂直尾翼吹落，连带扯断了主要的液压管线，导致机师无法正常操控飞机。 

折叠事故现场追思

坠毁地点所在的群马县多野郡，设立了"升魂之碑"纪念。部份飞机残骸以及文书资料，则移至日航于2006年建立的安全推广中心作永久保存及展示。1999年，以《女系家族》、《白色巨塔》与《华丽一族》等书闻名的日本作家山崎丰子发表新作《不沉的太阳》。内容描述航空公司企业组织与体系问题，分为上、中、下三册，当中中册即以御巢鹰山空难为背景，以现实为基础，用小说的形式重新架构，书中并保留部分罹难者家属和相关人员的真实姓名。该书2008年在我国台湾首次出版。2003年，日本知名推理小说家横山秀夫的作品《登山者》，也是以日航123号空难为蓝本所创作的推理小说。2005年，事故届满20周年，事故地点举办放水灯仪式追思，罹难者汤川昭九的女儿戴安娜·汤川回到日本，在追思仪式现场演奏小提琴。仪式中也播放了罹难者坂本九所演唱的成名曲《仰望夜星》(见上げてごらん夜の星を)。

网友绘制的30周年纪念画
事故文化作品

韩国歌手路易的歌曲《泪》，音乐MTV借此事故作背景，并借此纪念事故的死难者。

遇难真实人物:金泰佑、李惠庆MV主角:高修(饰演金泰佑)、河智苑(饰演李惠庆)

此次空难被国家地理频道制播为《重返危机现场》的"Terrified Over Tokyo"和探索频道以部份形式制播为《空难事件簿》的"Maintenance Failure"。另外也收录于国家地理频道和探索频道均有播放的《空中浩劫》第三季第二集"Out of Control"。

2005年8月12日，日本TBS电视台根据此一空难发生后的真相调查，以及遗族的心路历程制作的半纪录片型式特别节目《ボイスレコーダー~残された声の记录~ジャンボ机坠落20年目の真実》正式播出。

富士电视台纪录片2014年8月12日，日本富士电视台播出了有关此次空难的纪录片《日航机坠落 30 回目の夏生存者が今明かす 32 分间の闘い》，讲述了空难发生时机组32分钟的生死搏斗，乘客遗书背后的故事以及空难逝者家庭的生活等内容。