关于Western blot的灰度分析，这里有最全分析软件测评

2023-05-18 17:24 作者:科研根号三 0人读过 | 我要投稿

蛋白灰度分析软件有：Image-Pro Plus，Quantity One，Image J等~~

过来人把几个软件的使用总结分享给大家，可以少走弯路

软件的安装包和软件教程，有需要的可以在公众号科研根号三回复关键词软件03领取！

1、三个软件的优劣分析
1）Image-Pro Plus 综合性能最好，操作简便结果可靠！因为它有强大的 IOD 算法，
能准确反应蛋白灰度~~
但需要靠魔棒或轨迹法选取目的蛋白区域，有一定的主观性，不过蛋白灰度测定本
身就是半定量分析-----测量值本身就没有一定标准，不同软件测量值不同，即使相同
软件重复测量数值也不一定相同，因此只要测定数值能反应目的蛋白变化趋势，测
量值相对偏差不大即可~~~

（2） Quantity One 有泳道-轨迹测定法，等高线/手绘选取目的区域测定法等方法。
i.泳道-轨迹测定法：
过程：先剔除一系列背景，再选择泳道（lane），然后分析条带（band）,最后使用高
斯建模得出灰度分析值（Gauss Model trace）
特点：感觉比较科学，重复性好，但十分繁琐，
而且有时不能正确反应灰度（我亲测过）
ii.等高线-手绘选取目的区域测定法：通过等高线或手绘选取目的蛋白区域，最简便，
但重复性不太好。
（3）Image J 最坑爹~~~，它用魔棒选取区域测定灰度，可是有时很难选中所需区域，
而且方法繁琐，不推荐！！
在此，只总结综合性能最好的 Image-Pro Plus（IPP）蛋白灰度分析方法~~~~

2、mage-Pro Plus 分析蛋白灰度教程
说明：目的蛋白的灰度=目的蛋白 IOD 值/ 相应内参 IOD 值
1. 使用 Photoshop 剪切出目的区域（只含 western bolt 条带，如图），保存为
TIFF 格式文件。

2. Image-Pro Plus 打开文件，剔除背景：
（1）放大镜放大目的区域
（2） Measure---calibration---intensity---options----image,
选择背景最大 value 值------ok-------ok----system----close
(3) Measure---count/size---measure---select measurements，选择 IOD 为测量值，
调整结果显示方式：Options-label style 改为 mesurement，选择 IOD 为显示值。
（4）接下来有 2 种方法选择目的蛋白区域（即找出 AOI，area of interest, IPP 核
心元件）：魔棒和手绘轨迹法。
魔棒：首选方法，客观科学，适合于蛋白条带轮廓清楚且各蛋白条带不融合（若条
带弥散，相互融合，则魔棒无法选择单一蛋白条带，这时就要用手绘通过肉眼选择
目的蛋白区域）。
手绘轨迹法：主观性较强，当魔棒无法选择单一条带时才使用。
（5）count/size---edit-----convert AOI to object---得出 IOD 值
（6）若测下一条带，则点 NEW AOI 按钮，再按以上方法选择 AOI
(7) 可以 count/size---view---measurement data 显示或输出测量值
图示过程如下：