临床模型怎么创新？自噬、凋亡和焦亡取交集，一个月就能发表8+，换个疾病就能复现，快
有粉丝问小云，怎么这么多做临床模型的生信挖掘文章？
那可不嘛，生信挖掘的优势是什么？避免实验的高成本和不可确定性。
避开实验也就是避开过多的基础研究，那就意味着是我们可以更朝偏临床的角度发展。
临床方面，既贴合临床实践，又能讲出完整的故事，那可不就是临床模型了。
临床模型又如何创新了？
常用的方法就是选择一些更新的研究点，比如现在有铁死亡、铜死亡，如果哪天研究出现了个钙死亡、锌死亡、镁死亡，那很多人就会去追这样的点。
那如果还没等到这种开创性的内容出现，又该如何创新了？
小云给您支个招，将已有的热点给串起来，进行多热点整合，这个思路可以实现一些中档创新性要求的研究。
具体该如何做了，小云带大家来细细体会下这篇文章，分析思路亮眼，虽简单但逻辑性比较强，再加上部分验证实验，整个文章数据量不大但创新性很高，8分+手到擒来，妥妥地表面平平无奇实则暗藏乾坤啊！（如果没有分析思路或者文献复现有困难，可以找小云，超多创新性高的分析思路和分析服务供你选择！）
l 题目：头颈部鳞状细胞癌自噬、凋亡和焦亡相关基因的预后特征的鉴定和验证：指导HPV阴性患者的治疗选择
l 杂志：Front. Immunol.
l 影响因子：IF=8.786
l 发表时间：2023年1月
研究背景
头颈鳞状细胞癌（HNSCC），特别是人乳头瘤病毒（HPV）阴性的HNSCC缺乏有效的预后指标，而细胞的各种死亡特征与癌症的抗药性有关。因此，本文旨在确定自噬、凋亡和焦亡相关基因与HPV阴性HNSCC预后的关系，并构建预测HNSCC预后模型。
研究思路
识别434个自噬、凋亡和焦亡所共有的基因；将上述434个细胞死亡基因与379例HNSC患者的差异表达基因（剔除掉表达量过低的基因）进行匹配，最终筛选出424个细胞死亡基因；通过单一Cox回归分析筛选出48个与生存相关的基因；进一步的Lasso分析和多重Cox分析将基因筛选至16个，并进行生存分析、免疫浸润分析和功能富集分析。
主要结果
1. 与患者预后相关的自噬、凋亡和焦亡基因筛选
作者先后利用Cox回归分析、Lasso回归分析从48个自噬、凋亡和焦亡基因中，筛选出了16个与HNSCC患者预后的相关基因，包含6个凋亡基因、10个自噬基因和1个焦亡基因（图1B）。进一步对上述基因进行生存分析，发现STK24 和YWHAQ是正相关，与MVB12A负相关（图1C）。（ps：Cox回归分析和Lasso回归分析也可以用小云新开发的零代码生信分析小工具实现，云生信分析工具平台包含超多零代码分析和绘图小工具，上传数据一键出图，感兴趣的小伙伴欢迎来尝试哟，网址：http://www.biocloudservice.com/home.html）。
2. 细胞死亡指数（CDI）可以作为HNSCC的独立预后因素
基于上步筛选出的16个预后相关细胞死亡基因，作者构建出了细胞死亡指数（Cell death index，CDI）。对TCGA中的HNSCC患者分析发现，生存期长的（平均20月）HNSCC患者其CDI指数较高，而CDI较低的患者，则生存期较长（平均110月）（图2A）；这个结果在GEO数据集GSE42743中进一步获得证实（图2B）；作者使用TCGA中HNSCC患者的五年总生存率数据集，基于多元Cox的列线图来构建了一年、三年和五年的预后模型（图2H）。（ps：生存分析也可以用小云新开发的零代码生信分析小工具实现哦，具体信息参见上条内容）。
3. CDI可以作为HPV阴性HNSCC患者的预后诊断指标
作者进一步验证CDI指数对HNSCC患者的各个亚组是否有同样的预后结果，发现CDI指数只在HPV感染阳性组的HNSCC患者群体中出现变化（图3A、3B）。为了评估不同CDI指数的HNSCC患者对放疗和化疗的响应结果是否有差异，作者分析了不同治疗患者的生存结果，发现尽管HPV阴性、CDI指数高的患者预后结果最差，但是放疗仍然对该群体的预后有利（图3C、3D）。（ps：生存分析也可以用小云新开发的零代码生信分析小工具实现哦，具体信息参见上条内容）。
图3 CDI可以作为HPV阴性HNSCC患者的预后诊断指标
4. CDI高/低 HNSCC患者组的免疫特征分析
作者评估了TCGA数据集中高/低CDI的HNSCC患者免疫状况。发现HPV阴性、CDI评分较低的患者表现出较高的免疫微环境评分（图4A）。对细胞亚群分析发现，在高CDI的HNSCC患者亚群中（包含HPV阴性和阳性），记忆CD4+T细胞和M0巨噬细胞的浸润均较高。然而，幼稚的B细胞、CD8+T细胞、激活的记忆CD4+T细胞、辅助性T细胞、调节性T细胞和静息肥大细胞在低CDI亚群中更丰富（图4B）。为了评估 CDI 评分对免疫检查点阻断的潜在疗效，我们发现CTLA4、IDO1、TIM3、LAG3、PD1、SIGLEC10、LILRB1和NKG2A的表达在 HPV 阴性 HNSCC 患者的低 CDI 亚组中增加（图 4C)，表明具有低 CDI 评分的 HPV 阴性患者可能会从检查点阻断中获得潜在益处。
图4 CDI高/低 HNSCC患者组的免疫特征分析
5. 辐射诱导HPV 阴性 HNSCC 细胞系细胞凋亡和VDAC1的表达
我们进一步鉴定了HPV阴性HNSCC患者中辐射敏感和辐射抗性亚组之间差异表达的基因VDAC1（图5A)。VDAC1的表达在辐射敏感亚组中显着降低。在体外，响应辐射的CAL27和SCC-15细胞系的细胞活力均受到显着抑制（图5B)。我们进一步发现辐射在CAL27和SCC-15细胞系中诱导细胞凋亡（图5C、D)。此外，VDAC1在放射治疗后在CAL27和SCC-15细胞系中被诱导（图5E)。
图5细胞凋亡和VDAC1的细胞系验证
文章小结
这个文章在常规的构建预后模型的方向上，选择了将自噬、凋亡和焦亡相关基因作为一个合集，规避了之前的单方向，显得更加有概括性。
那么，举一反三，如果我们选择将铁死亡、铜死亡和失巢凋亡作为共同基因集？或者我们更换一种疾病类型？或者我们将放/化疗替换为免疫治疗了？
实际上，虽然预后模型是属于临床引用类型，但是构建临床诊断/预后模型所筛选出的基因，也可以作为后续基础实验的备选靶点基因。该基因是否具有这个功能（基因敲低/过表达），该基因的作用通路和途径（信号通路的筛选和验证）等均可以延伸。
因此这个生信挖掘思路用于国自然基础、博士开题都是效果帮帮的，感兴趣的朋友，码住这个思路行动起来吧！
小云有话说
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