这两种用法跟中文的“谢谢”和“谢谢了”的意思基本差不多。用过去式的话，给人感觉说完就完了，这个被一些日本人称为“縁切り型”，也就是“断绝型”表达。给人感觉是对之前的事表示感谢之后，今后就没什么关系了。所以现在有一部分人提倡使用“ありがとうございます”这种将来形。

from：https://blogs.itmedia.co.jp/tooki/2006/11/post_68d3.html

1.现在时 vs 过去时

落語のポッドキャスティングを聴くようになって、江戸弁が楽しくなってきました。いずれの噺家さんも、素晴らしい江戸弁をお話になります。（上方落語では、米朝さんが好きです）
　その落語の枕で聴いたのですが、「ありがとうございました」と過去形にするのは縁切り型で良くないとか。「ありがとうございます」が正しいそうです。
　こういったことは、なかなか知る機会がありません。一時、バイト語という言葉が話題になりました。
　「コーヒーでよろしかったでしょうか？」とか「○○円からお預かりします。」「こちら、お釣りのほうになります。」といったものですね。デニーズが発祥などと言われていますが、定かではありません。
そこまで極端ではなくても、ついつい間違った日本語を使いがちです。その間違った日本語も、流通し出せばそれが正しい日本語になっていくのも知れませんが。
　それにしても、ありがとうございました、という縁切り型はあまり良くない、というのは、いったいどれくらいの日本人が知っているでしょうか。かなり気になりました。
　個人的には、流通していようがいまいが、「縁切り型」で円を切りたくないと感じましたので、これからは「ありがとうございます」でいこうと思います。

2.假名 vs 汉字

特に違いはないと思いますよ。

（少なくとも私は、）

相手がメールや年賀はがきなどで、「有難う御座います」「有難う御座いました」と漢字を使っていた場合に、そこに感情的な違いがあると受け取ることはないですね。

強いて言えば、「有難う」と漢字を使うと堅苦しい印象があるので、友人間や家族間など、近しい関係の人には「ありがとう」と平仮名を使います。そうでない場合、例えば、大学教授へのお礼のメールであれば「時間を割いて頂き、有難うございました」と漢字を使うのもアリかな、という印象です。

ただ、これはあくまで個人的な感覚、使い分けであり、一般的に「こう使い分けなければいけない」といったルールや、ご質問の「感情的な違い」が存在しているというわけではないです。

特に感謝の気持ちを示したい場合は、「誠に、本当に」などを付けて表現します。