关于Image J宏命令脚本实现图片批量处理代码整合
1. 免疫组化AOD平均光密度批量分析
使用脚本之前请仔细学习视频教程，相关参数需要根据实际图片修改，主要是阈值范围和set measurement需要勾选的参数： 进哥网站介绍：https://www.jingege.wang/2022/01/25/average-density/
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i 阈值范围和图片扩展名 。
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i 参考5 ，主要需要修改的就是 文件扩展名 和 高斯模糊的sigma值
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
///运行前在目录下新建一个文件夹process
for(i=0;i 参考5 ，主要需要修改的就是 文件扩展名 和 阈值范围
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i 阈值和图片扩展名 。
//Analyze wound healing
dir=getDirectory("Select the source directory");
list=getFileList(dir);
Array.sort(list);
for(i=0;i
////Merge channels
var red_label = "-1.tif"; //edu
var blue_label = "-2.tif"; //nuclear
path = getDirectory("Choose a Directory to proess");
list = getFileList(path);
for (i = 0; i < list.length; i++) {
if(endsWith(list[i],red_label)){
label = substring(list[i], 0,1); //Get the different title labels
print(label);
open(path + label+red_label);
open(path + label+blue_label );
image_r = label+red_label;
image_b = label+blue_label;
run("Merge Channels...", "c1="+image_r+ " c3="+image_b);
saveAs("tif", path+ label);
saveAs("tif", path+"merge/"+ label);
run("Close");
}
}
