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介绍分子动力学软件——NAMD是什么?以及详细操作教程,请低调收藏!

2023-06-28 15:08 作者:bili_99919241907  | 我要投稿

NAMD是什么?

NAMD(NAnoscale Molecular Dynamics)是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场,如Amber,CHARMM和Dreiding,通过数值求解运动方程计算原子轨迹。

1. 软件所能模拟的体系的尺度:微观,介观或跨尺度等

微观和介观,是众多md 软件中并行处理最好的,可以支持几千个cpu 运算。在单机上速度也很快。在进行并行计算中采用了Load Balancing方法,给每个CPU分配相同的计算量使得计算不irregular,在计算时通过监控每个处理器的速度和运算量来分配。

2. 软件所属的类型:MD,DPD,DFT,MC,量化,交叉等

3. 软件能研究的相关领域

使用者的背景最好是默认的力场是charmm,包括了2,3,4个原子的成键作用和成对的静电相互作用和范德华作用,适合模拟蛋白质,核酸,细胞膜等体系。也可进行团簇和CNT 系统的模拟软件原理经典,操作简单。但需要对体系的性质足够了解。

4. 软件中主要涉及的理论方法范畴

经典的md,以及用多种方法计算自由能和SMD模拟。数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理,但知道一些最好。

5.软件主要包含的处理工具

namd 是计算部分,本身不能建模和数据分析(unix 的哲学kiss)。但vmd 同namd 系出同门,已同namd 实现无逢链接。


专题课程:NAMD分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用

一:特色

专题课程以NAMD软件为基础,以实例讲授和练习为主。从MD模拟流程、恒速/恒力拉伸动力学、基于伞形抽样的自由能计算、沿着反应坐标的自由能计算到深层的NAMD在生物技术计算中的应用与材料计算中的应用等。

二:讲师

来自国家“双一流”建设高校,“211’工程。拥有近10年丰富的NAMD使用经验。以第一/通讯作者在《ACS advanced materials & interface》等国际top期刊发表论文数十篇。擅长领域:蛋白质分子动力学,蛋白质纳米材料相互作用机制,蛋白质测序等。

三:大纲

四:增值服务

1. 凡报名学员将获得本次培训书本(或电子)教材以便提前预习及随堂电子资料;

2. 凡报名学员将获得课程相关Windows版本软件安装指导(一年有效期);

3. 提供无限次回放视频:凡报名学员课程结束后可获得所学专题课程无限次回放视频;

4. 价格优惠:(优惠活动最终解释权归主办方);

1) 早鸟优惠:所有专题课程2023年7月10日前报名缴费均立减200元;

2) 同一人报名两个及以上专题课程可享受额外优惠(具体请咨询招生联系人);

5. 参加培训并通过考试的学员,可以获得:北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《分子动力学应用工程师》专业技能结业证书;

五:报名费用

NAMD专题(三天) 原价:3500(元) 优惠后价格(元):3300

费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件;

如需开具会议费的单位请联系招生老师发送会议邀请函;

福利赠送活动:报名缴费本期NAMD专题课程,赠送Gromacs专题(三天)往期直播课录播视频回放。





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