计算机辅助药物设计备忘录（一）

这是关于（广义）计算机辅助药物设计的备忘录，包括但不限于计算机辅助药物设计、化学信息学、生物信息学、药学信息学、分子动力学、量子化学的内容。

IUPAC和IUBMB于1992年联合发布了Biochemical Nomenclature and Related Documents，也叫IUPAC白皮书（White Book，ISBN：1-85578-005-4），白皮书分章节收录了氨基酸、肽、蛋白质、酶、核苷酸、核酸、糖、脂等分子的结构和符号表示。本文摘录白皮书第2章第1部分20种标准氨基酸名称、三位字母简写和一位字母简写。

丙氨酸    Alanine    Ala    A

精氨酸    Arginine    Arg    R

天冬酰胺    Asparagine    Asn    N

天冬氨酸    Aspartic acid    Asp    D

半胱氨酸    Cysteine    Cys    C

谷氨酰胺    Glutamine    Gln    Q

谷氨酸    Glutamic acid    Glu    E

甘氨酸    Glycine    Gly    G

组氨酸    Histidine    His    H

异亮氨酸    Isoleucine    Ile    I

亮氨酸    Leucine    Leu    L

赖氨酸    Lysine    Lys    K

甲硫氨酸    Methionine    Met    M

苯丙氨酸    Phenylalanine    Phe    F

脯氨酸    Proline    Pro    P

丝氨酸    Serine    Ser    S

苏氨酸    Threonine    Thr    T

色氨酸    Tryptophan    Trp    W

酪氨酸    Tyrosine    Tyr    Y

缬氨酸    Valine    Val    V

天冬氨酸或天冬酰胺都可以用Asx（B）表示，谷氨酸或谷氨酰胺都可以用Glx（Z）表示，另有Xaa（X）表示非标准氨基酸。

IUPAC关于白皮书的介绍（访问日期：2023/2/13）

https://iupac.org/what-we-do/books/whitebook/

白皮书原文目录（访问日期：2023/2/13）

https://iupac.qmul.ac.uk/bibliog/white.html

白皮书第2章第1部分PDF文件（访问日期：2023/2/13）

https://www.degruyter.com/document/doi/10.1351/pac198456050595/html