实用干货 | 安装R包的五种方法，点击文章学到手！

2023-07-14 09:30 作者:百奥益康 0人读过 | 我要投稿

分析10x Genomics的单细胞测序结果，在跑完cell ranger的标准流程之后，其他的分析，包括Seurat分析，富集分析，以及一些高级的个性化分析，基本都是基于不同的R包来实现的。下面为大家简单介绍一下什么是R包，以及R包的一些下载安装的方法。

什么是R包？

首先，先要了解一下R语言，R语言是一种编程语言，是用于统计分析、绘图的语言和操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。其特点包括：R 语言环境软件属于 GNU 开源软件，兼容性好、使用免费；语法十分有利于复杂的数学运算；数据类型丰富，包括向量、矩阵、因子、数据集等常用数据结构；代码风格好，可读性强。
R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例，包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。特定的分析功能，需要用相应的程序包实现，例如：单细胞分析的R包：seurat，其功能不仅包含基本的数据分析流程，如质控，细胞筛选，细胞类型鉴定，特征基因选择，差异表达分析，数据可视化等等。同时也包括一些高级功能，如不同组学单细胞数据整合分析等。

如何下载安装R包？

要做不同的个性化分析，就要安装对应的R包，R包安装成功，就已经成功了一半。根据R包最主要的来源，下载安装的方式有五种：

1、CRAN

https://cran.r-project.org/mirrors.html

在CRAN网站的官网中的搜索，下载相应的R包。

在RStudio中，直接用下面的函数来实现：

install.packages(“R包的名称”)

2、Biocductor

https://www.bioconductor.org/

Bioconductor，主要是跟生物数据分析及可视化相关的包。可通过右上角的搜索框检索你要安装的 R 包：

点到相应R包的主界面，记录了包的文献、版本、功能简介和安装的代码，如下图箭头所示：

运行上图代码，即可安装相应的R包。

3、Github

https://github.com/GitHub是一个面向开源及私有软件项目的托管平台，因为只支持Git作为唯一的版本库格式进行托管，故名GitHub。GitHub拥有1亿以上的开发人员，400万以上组织机构和3.3亿以上资料库。用法也是在网页上搜索想要的R包，在R包的主界面中有下载安装的代码，如下图所示。发布在GitHub的 R 包，通常还需要通过devtools安装，函数如下：devtools::install_github("库名/包名")

4、本地安装

如果上述3种方法都不能成功安装R包，可以试试从本地安装R包。从 GitHub、Bioconductor 下载你要安装的包的压缩文件，打开RStudio的Packages标签，点击install packages，弹出下图所示对话框，然后点击install from的下拉菜单，选择从本地下载的.zip、.tar.gz安装，然后点击第二行Browse加载或者选择已经下载的压缩包文件，最后点击最下面的Install按钮，便可开始安装：